More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2773 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  73.47 
 
 		 297 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  74.15 
 
 		 297 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  67.35 
 
 		 309 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 297 aa  382  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 297 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  61.82 
 
 		 302 aa  363  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.93 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  39.6 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 313 aa  199  7e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 335 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.55 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.16 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.69 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 322 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.84 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  38.62 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.91 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  32.46 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.04 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 304 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  35.69 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 289 aa  183  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.23 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 304 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.71 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 302 aa  181  9.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 301 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>