297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_13450 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  100 
 
 
257 aa  487  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  68.48 
 
 
256 aa  318  6e-86  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  62.02 
 
 
257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  66.15 
 
 
252 aa  271  1e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.15 
 
 
258 aa  228  7e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.16 
 
 
257 aa  226  4e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  50 
 
 
248 aa  218  5e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  46.88 
 
 
246 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  49.61 
 
 
245 aa  198  9e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  50 
 
 
244 aa  193  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.35 
 
 
262 aa  190  2e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  46.92 
 
 
244 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.48 
 
 
244 aa  182  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.89 
 
 
253 aa  182  3e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  45.28 
 
 
259 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.79 
 
 
244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.09 
 
 
253 aa  172  6.999999999999999e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  46.09 
 
 
243 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.16 
 
 
242 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  43.63 
 
 
252 aa  159  5e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  41.31 
 
 
249 aa  158  9e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
248 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.97 
 
 
246 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  40.46 
 
 
265 aa  157  2e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
248 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
248 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.17 
 
 
251 aa  152  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  45.88 
 
 
255 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.03 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.1 
 
 
230 aa  144  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.7 
 
 
262 aa  142  6e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.18 
 
 
247 aa  142  7e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  41.02 
 
 
250 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.32 
 
 
265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.8 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.12 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  33.07 
 
 
249 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.68 
 
 
249 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.68 
 
 
260 aa  99.8  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.2 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  35.66 
 
 
291 aa  98.6  8e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  31.91 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  31.43 
 
 
245 aa  98.2  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  25.98 
 
 
248 aa  97.8  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.22 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  26.32 
 
 
246 aa  97.1  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  31.14 
 
 
244 aa  96.3  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.11 
 
 
249 aa  95.9  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.74 
 
 
245 aa  95.5  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.54 
 
 
243 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.3 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
250 aa  94.7  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.97 
 
 
257 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  30.09 
 
 
243 aa  94  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  32.07 
 
 
246 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.15 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.27 
 
 
244 aa  93.2  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  28.17 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
258 aa  92.4  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.89 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  38.46 
 
 
242 aa  92  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.13 
 
 
246 aa  92  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.44 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.44 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  28.44 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  28.32 
 
 
243 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.32 
 
 
243 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.32 
 
 
243 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.07 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.32 
 
 
243 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  28.44 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.94 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.32 
 
 
243 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.35 
 
 
249 aa  90.5  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.44 
 
 
243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
259 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
249 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
259 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
246 aa  89.7  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
259 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.12 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
259 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.98 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.23 
 
 
247 aa  89.4  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
244 aa  89  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 
255 aa  89  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
243 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  32.89 
 
 
251 aa  89  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.5 
 
 
243 aa  89  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  27.23 
 
 
240 aa  89  7e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.91 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.89 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 
244 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
241 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
247 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>