64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2953 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2953  type IV pilus modification protein PilV  100 
 
 		 188 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.192573  normal  0.254456 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  71.96 
 
 		 186 aa  270  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3035  type IV pilus modification protein PilV  69.84 
 
 		 186 aa  258  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0760005 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3528  hypothetical protein  59.9 
 
 		 187 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  59.59 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3231  type IV pilus modification protein PilV  59.07 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1160  type IV pilus modification protein PilV  57.81 
 
 		 195 aa  214  7e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.574429 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  61.14 
 
 		 173 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  58.03 
 
 		 195 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  56.32 
 
 		 183 aa  210  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0928  type IV pilus assembly protein PilV  61.14 
 
 		 172 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1295  type IV pilus modification protein PilV  53.97 
 
 		 188 aa  182  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.444338 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1198  type IV pilus modification protein PilV  59.89 
 
 		 173 aa  180  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0125256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  51.11 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2719  methylation  51.65 
 
 		 184 aa  174  9e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1087  type IV pilus modification protein PilV  45.95 
 
 		 186 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1213  type IV pilus modification protein PilV  35.53 
 
 		 193 aa  95.5  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  38.78 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  28.33 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0090  type IV fimbrial biogenesis protein PilV, putative  35.33 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.662578  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  33.33 
 
 		 170 aa  72  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  38.24 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  27.17 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  33.33 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  28.48 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2914  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  27.33 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  26.63 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5686  Type IV fimbrial biogenesis, pilV-related transmembrane protein  29.67 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  35.09 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  44.59 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2838  type IV pilus modification protein PilV  31.76 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0708061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  28.08 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11840  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilV-like protein  28.26 
 
 		 177 aa  59.3  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  28.17 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0213  type IV pilus modification protein PilV  37.74 
 
 		 156 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.035208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03026  hypothetical protein  29.6 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  28.97 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0671  type IV pilus modification protein PilV  32.43 
 
 		 167 aa  54.7  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.663596 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0714  type IV pilus modification protein PilV  32.43 
 
 		 167 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0189  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein PilV  29.51 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  28.57 
 
 		 157 aa  52.8  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  24.43 
 
 		 237 aa  52.8  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  27.34 
 
 		 219 aa  52.4  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2678  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  28.86 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0401  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  33.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0020  type IV pilus modification protein PilV  27.1 
 
 		 159 aa  49.7  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.908433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  29.41 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0024  pre-pilin leader sequence  27.1 
 
 		 159 aa  49.7  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0716  type IV pilus assembly protein PilV  37.68 
 
 		 171 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2665  type IV pilus modification protein PilV  44.07 
 
 		 160 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0675  hypothetical protein  29 
 
 		 195 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  22.16 
 
 		 215 aa  48.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0254  pilus assembly protein  48.08 
 
 		 140 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3168  type IV pilus modification protein PilV  34.43 
 
 		 138 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0854  type IV pilus modification protein PilV  34.43 
 
 		 138 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0486  methylation  43.4 
 
 		 139 aa  46.6  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  44.07 
 
 		 165 aa  46.2  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2910  type IV pilus modification protein PilV  28.3 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389723  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  25.38 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  27.17 
 
 		 225 aa  42.7  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1291  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV transmembrane protein  23.33 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  34.33 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0016  type IV pilus modification protein PilV  33.33 
 
 		 159 aa  42.4  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5194  type IV pilus modification protein PilV  25.47 
 
 		 210 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.524323  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>