More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2406 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2902  AraC family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 341 aa  352  5e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000829875  normal  0.0371482 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1656  AraC family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 342 aa  341  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359761  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1471  AraC family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 339 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 343 aa  328  8e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1537  AraC family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 339 aa  328  8e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2932  AraC family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 353 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2118  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 358 aa  255  8e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0916318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 344 aa  97.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 356 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 345 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  26.22 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 330 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 330 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  26.94 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  46.91 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.73 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  33.15 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  29.56 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  29.56 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  32.6 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  25.08 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.56 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  24.75 
 
 		 330 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 373 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 340 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  33.58 
 
 		 347 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.16 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 339 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  33.51 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 353 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 352 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  24.34 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  28.02 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  42.35 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  24.92 
 
 		 352 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  26.98 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  33.63 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 353 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 353 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  41.98 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 417 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 353 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  24.91 
 
 		 353 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 386 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 361 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 333 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  29.44 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 346 aa  72  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  37.36 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>