More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0602 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0602  transcriptional regulator, LuxR family protein  100 
 
 		 210 aa  426  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126322  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0653  LuxR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 206 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.203226 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0699  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  29.76 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1125  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.63 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  30.71 
 
 		 159 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  30.7 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0683  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  34.26 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6044  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.66 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6306  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0259699  normal  0.0492304 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1737  regulatory protein LuxR  33.05 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117285  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4334  transcriptional regulator, LuxR family  30.51 
 
 		 160 aa  64.3  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1769  putative response regulator  33.33 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  30.58 
 
 		 335 aa  64.3  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  35.65 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.25 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0915  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.77 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5644  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04600  two-component system regulatory protein  41.56 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.62 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2015  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1523  response regulator receiver protein  30.7 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.894169  normal  0.0152488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4684  two component LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  31.67 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8900  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.3 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.967084  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2087  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.53 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.73112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.998369  normal  0.706802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0262  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.93 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0721339  normal  0.623073 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.66 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4360  transcriptional regulator, LuxR family  37.78 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2145  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.95 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0196231  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 496 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  30.97 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2432  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 496 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7812  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.46 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.72 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2114  transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000451621  normal  0.459179 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7009  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.76 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0896567  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  30 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3480  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147525 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4508  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401356  normal  0.568133 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2623  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3380  two component LuxR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277634 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23660  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3676  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.82 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0625047  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2548  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0236  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0649  LuxR family two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.93281  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4226  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5905  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0252894  normal  0.145246 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  31.3 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0211  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.196171  normal  0.645513 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.71 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.14 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  28.28 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3664  regulatory protein, LuxR  44.44 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.31 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0277  two component transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0542563  normal  0.0298075 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4217  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000816589  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3507  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.892641  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1817  LuxR response regulator receiver  28.57 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.67 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1972  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.97 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000794288  unclonable  0.0000000332591 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1619  two component LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 163 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113726  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4511  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11054  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 163 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5474  two component LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344108  normal  0.73382 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8793  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1592  two component LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4561  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.47 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  28.21 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49613  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0373  response regulator receiver  28.95 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5403  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.12 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  37 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0094  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.67 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0277195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>