More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2352 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  57.47 
 
 		 1229 aa  1432    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  36.09 
 
 		 1180 aa  669    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.01 
 
 		 1180 aa  665    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  36.01 
 
 		 1180 aa  665    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  59.27 
 
 		 1259 aa  1471    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  59.86 
 
 		 1273 aa  1485    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  37.55 
 
 		 1183 aa  675    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  38.03 
 
 		 1220 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.7 
 
 		 1224 aa  689    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  35.45 
 
 		 1181 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  55.55 
 
 		 1238 aa  1367    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  35.6 
 
 		 1181 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  59.94 
 
 		 1251 aa  1467    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  37.81 
 
 		 1220 aa  684    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  35.86 
 
 		 1180 aa  661    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  59.49 
 
 		 1273 aa  1483    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  35.07 
 
 		 1208 aa  669    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  35.92 
 
 		 1208 aa  656    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  35.53 
 
 		 1181 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  36.09 
 
 		 1180 aa  669    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1355 aa  2781    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  36.01 
 
 		 1180 aa  665    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  35.07 
 
 		 1181 aa  648    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  35.45 
 
 		 1181 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  60.23 
 
 		 1273 aa  1486    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  36.84 
 
 		 1194 aa  676    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.89 
 
 		 1320 aa  697    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  36.55 
 
 		 1212 aa  681    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  58.92 
 
 		 1274 aa  1472    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  58.57 
 
 		 1269 aa  1475    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.99 
 
 		 1276 aa  1590    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  56.97 
 
 		 1251 aa  1432    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  35.94 
 
 		 1180 aa  664    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  37.81 
 
 		 1220 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  59.49 
 
 		 1273 aa  1483    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  54.86 
 
 		 1223 aa  1342    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  58.92 
 
 		 1263 aa  1486    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  35.45 
 
 		 1181 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  35.86 
 
 		 1180 aa  662    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  36.26 
 
 		 1203 aa  664    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  48.29 
 
 		 1224 aa  1130    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.41 
 
 		 1226 aa  664    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  59.79 
 
 		 1273 aa  1489    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  35.75 
 
 		 1170 aa  655    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.49 
 
 		 1240 aa  620  1e-176  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.84 
 
 		 1224 aa  618  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  36.13 
 
 		 1189 aa  616  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.91 
 
 		 1224 aa  619  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.44 
 
 		 1224 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.85 
 
 		 1223 aa  612  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.75 
 
 		 1230 aa  611  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.12 
 
 		 1224 aa  608  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.81 
 
 		 1226 aa  606  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.19 
 
 		 1229 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  34.38 
 
 		 1244 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  35.04 
 
 		 1245 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.53 
 
 		 1230 aa  595  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.75 
 
 		 1269 aa  593  1e-167  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.56 
 
 		 1242 aa  589  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.65 
 
 		 1240 aa  578  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.11 
 
 		 1241 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.12 
 
 		 1240 aa  571  1e-161  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.05 
 
 		 1200 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.61 
 
 		 1203 aa  559  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.76 
 
 		 1200 aa  545  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.62 
 
 		 1204 aa  531  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.88 
 
 		 1272 aa  533  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.12 
 
 		 1207 aa  525  1e-147  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.46 
 
 		 1263 aa  519  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.86 
 
 		 1216 aa  516  1.0000000000000001e-145  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.72 
 
 		 1232 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.92 
 
 		 1199 aa  509  9.999999999999999e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.04 
 
 		 1274 aa  498  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.78 
 
 		 1209 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.41 
 
 		 1226 aa  495  9.999999999999999e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.1 
 
 		 1183 aa  493  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.84 
 
 		 1236 aa  488  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.4 
 
 		 1259 aa  489  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.94 
 
 		 1230 aa  489  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.33 
 
 		 1236 aa  489  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.11 
 
 		 1286 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.89 
 
 		 1234 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.81 
 
 		 1234 aa  479  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.56 
 
 		 1221 aa  478  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.53 
 
 		 1203 aa  473  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.01 
 
 		 2007 aa  466  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.98 
 
 		 1235 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.98 
 
 		 1235 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.09 
 
 		 1321 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.57 
 
 		 1263 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.98 
 
 		 1203 aa  456  1e-127  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.79 
 
 		 1198 aa  446  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.79 
 
 		 1198 aa  446  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.54 
 
 		 1130 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.4 
 
 		 1129 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.98 
 
 		 1085 aa  414  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.27 
 
 		 1241 aa  415  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  30 
 
 		 1242 aa  388  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1746  UvrD/REP helicase  30.05 
 
 		 1243 aa  386  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.78 
 
 		 1168 aa  382  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>