69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3865 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3865  hypothetical protein  100 
 
 		 201 aa  412  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.62314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2393  NAD-dependent DNA ligase  46.15 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0130948  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4113  hypothetical protein  36.5 
 
 		 233 aa  131  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.14003  decreased coverage  0.00587684 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0663  NAD-dependent DNA ligase  39.33 
 
 		 312 aa  124  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000015383  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1077  NAD-dependent DNA ligase  33.16 
 
 		 301 aa  101  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3053  BRCT domain protein  31.47 
 
 		 298 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0472268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2687  NAD-dependent DNA ligase  30.85 
 
 		 298 aa  94.4  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835433 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2589  NAD-dependent DNA ligase  30.96 
 
 		 298 aa  92.8  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1827  NAD-dependent DNA ligase  31.77 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0862  hypothetical protein  29.76 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.253306  normal  0.918011 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.82 
 
 		 367 aa  78.6  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  29.19 
 
 		 2123 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  33.33 
 
 		 710 aa  53.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2188  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.73 
 
 		 442 aa  52.4  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.5 
 
 		 718 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  32.62 
 
 		 671 aa  51.2  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  33.66 
 
 		 707 aa  48.9  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  36 
 
 		 683 aa  47.8  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  35.23 
 
 		 706 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.79 
 
 		 717 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  51.11 
 
 		 684 aa  47  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.08 
 
 		 718 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  32.04 
 
 		 712 aa  47  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.08 
 
 		 719 aa  45.8  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  35.11 
 
 		 714 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  32.99 
 
 		 715 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  32.23 
 
 		 677 aa  45.8  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  31.25 
 
 		 705 aa  45.8  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  30.43 
 
 		 699 aa  45.8  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  30.77 
 
 		 792 aa  45.4  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.63 
 
 		 717 aa  45.1  0.0008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  35.37 
 
 		 714 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  46.51 
 
 		 672 aa  44.7  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  43.48 
 
 		 671 aa  43.9  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  28.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  34.38 
 
 		 673 aa  43.9  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0735  DNA ligase, NAD-dependent  33.68 
 
 		 699 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  39.24 
 
 		 718 aa  43.5  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1279  NAD-dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 690 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.880494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.88 
 
 		 676 aa  43.9  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21501  NAD-dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 690 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.786913 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  36.9 
 
 		 670 aa  43.9  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  35.29 
 
 		 708 aa  43.9  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  28.43 
 
 		 714 aa  43.1  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 684 aa  43.1  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.84 
 
 		 670 aa  43.1  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 672 aa  43.1  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  33.73 
 
 		 666 aa  42.4  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0693  DNA ligase, NAD-dependent  33.73 
 
 		 687 aa  42.4  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.600829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  26.9 
 
 		 720 aa  42.4  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  40.91 
 
 		 673 aa  42.7  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  35.23 
 
 		 711 aa  42.4  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1066  DNA ligase, NAD-dependent  32.93 
 
 		 709 aa  42.7  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  32.09 
 
 		 741 aa  42.7  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.88 
 
 		 679 aa  42.4  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  32.95 
 
 		 690 aa  42.4  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  34.94 
 
 		 687 aa  42  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  34.09 
 
 		 708 aa  42  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  27.21 
 
 		 700 aa  42  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.94 
 
 		 680 aa  42  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.91 
 
 		 681 aa  42  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  42.22 
 
 		 670 aa  41.6  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  30.21 
 
 		 678 aa  42  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  33.78 
 
 		 669 aa  41.6  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  25.71 
 
 		 668 aa  41.6  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  40 
 
 		 696 aa  41.6  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  31.25 
 
 		 674 aa  41.2  0.009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  35.96 
 
 		 659 aa  41.6  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0500  DNA ligase, NAD-dependent  31.33 
 
 		 670 aa  41.6  0.009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.147098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>