More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3354 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 		 456 aa  933    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 		 454 aa  282  9e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 		 454 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  35.54 
 
 		 454 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  34.95 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  32.5 
 
 		 475 aa  258  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 442 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  34.74 
 
 		 429 aa  250  5e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 450 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  33.47 
 
 		 474 aa  241  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  33.04 
 
 		 448 aa  240  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  33.04 
 
 		 448 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  34.66 
 
 		 454 aa  239  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  34.66 
 
 		 454 aa  237  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 		 466 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  32.54 
 
 		 517 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  33.19 
 
 		 466 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 		 448 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.4 
 
 		 484 aa  229  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 455 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  32.47 
 
 		 470 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 		 448 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 		 448 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  31.86 
 
 		 443 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 460 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 443 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4199  two-component sensor PhoQ  34.14 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 448 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49170  two-component sensor PhoQ  33.63 
 
 		 448 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000325542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  31.08 
 
 		 482 aa  213  7e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 475 aa  213  7.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 		 482 aa  210  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 		 449 aa  210  5e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  30.04 
 
 		 456 aa  208  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 443 aa  207  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 		 450 aa  207  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0243  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 440 aa  206  8e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 		 445 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  31.72 
 
 		 449 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  36.76 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 449 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 449 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 449 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 		 451 aa  197  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 		 449 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  30.99 
 
 		 449 aa  194  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 449 aa  193  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  31.06 
 
 		 449 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 		 449 aa  192  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 449 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  30.51 
 
 		 487 aa  189  9e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  34.88 
 
 		 450 aa  187  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  39.85 
 
 		 483 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  38.72 
 
 		 484 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  35.54 
 
 		 487 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  35.54 
 
 		 487 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  35.54 
 
 		 487 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  35.54 
 
 		 487 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  35.54 
 
 		 487 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  38.31 
 
 		 486 aa  186  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  37.93 
 
 		 484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  30.27 
 
 		 486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  38.35 
 
 		 484 aa  185  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  30.27 
 
 		 486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  30.06 
 
 		 486 aa  184  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  38.35 
 
 		 468 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  29.98 
 
 		 486 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  30.06 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  30.06 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  30.06 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  30.06 
 
 		 486 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  30.06 
 
 		 486 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  37.22 
 
 		 485 aa  180  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  38.31 
 
 		 483 aa  180  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 		 459 aa  172  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 		 481 aa  171  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.711544 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  28.57 
 
 		 436 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  28.12 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 		 463 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2673  histidine kinase  28.54 
 
 		 436 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 441 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1886  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 484 aa  166  5e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  27.31 
 
 		 449 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1831  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 		 458 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_004310  BR0605  sensor histidine kinase  28.25 
 
 		 432 aa  164  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.972928  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 463 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 		 471 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0631  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 		 459 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0181536  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1188  Signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 465 aa  163  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1684  histidine kinase  27.86 
 
 		 471 aa  162  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1409  ATPase domain-containing protein  27.86 
 
 		 471 aa  162  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.137041 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0895  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 461 aa  161  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.378674  normal  0.194122 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.77 
 
 		 456 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  31.99 
 
 		 462 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27 
 
 		 472 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 		 464 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>