More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2974 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  100 
 
 		 307 aa  607  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  73.77 
 
 		 308 aa  471  1e-132  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  73.62 
 
 		 305 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  69.71 
 
 		 307 aa  435  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0565  inner-membrane translocator  70.96 
 
 		 304 aa  436  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  70.26 
 
 		 308 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  69.93 
 
 		 308 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  69.28 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  69.97 
 
 		 293 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  67.97 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0221  urea ABC transporter, permease protein UrtB  69.31 
 
 		 304 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  68.42 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  68.4 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  68.63 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3588  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.65 
 
 		 304 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  67.21 
 
 		 308 aa  414  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3144  urea ABC transporter, permease protein UrtB  67.33 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  65.69 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  65.36 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  64.71 
 
 		 308 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5669  urea ABC transporter, permease protein UrtB  67.77 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3733  inner-membrane translocator  67.77 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4635  inner-membrane translocator  67.77 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1710  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  65.78 
 
 		 305 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00512206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  58.64 
 
 		 300 aa  358  6e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.7 
 
 		 293 aa  358  9e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  57.43 
 
 		 300 aa  335  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 524 aa  259  6e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  45 
 
 		 524 aa  258  7e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  49.49 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 526 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.08 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.33 
 
 		 528 aa  252  4.0000000000000004e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  43.25 
 
 		 527 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  45.86 
 
 		 548 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 527 aa  242  6e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.98 
 
 		 292 aa  241  7.999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  45.64 
 
 		 542 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  46.55 
 
 		 545 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  45.65 
 
 		 554 aa  237  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  44.04 
 
 		 526 aa  237  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.64 
 
 		 558 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.99 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  46.01 
 
 		 542 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  45.65 
 
 		 542 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.38 
 
 		 545 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.86 
 
 		 515 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.07 
 
 		 537 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  46.37 
 
 		 543 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43 
 
 		 551 aa  233  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.65 
 
 		 520 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.64 
 
 		 545 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.64 
 
 		 529 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  45.97 
 
 		 529 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.01 
 
 		 550 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.95 
 
 		 523 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  43.6 
 
 		 547 aa  228  7e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 538 aa  228  9e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  44.49 
 
 		 540 aa  228  9e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  44.57 
 
 		 537 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 540 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  43.6 
 
 		 551 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 538 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  44.28 
 
 		 553 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  45.02 
 
 		 500 aa  226  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  45.17 
 
 		 534 aa  227  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 542 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  42.51 
 
 		 534 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 542 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 537 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.8 
 
 		 539 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.17 
 
 		 542 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  44.28 
 
 		 538 aa  225  7e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  43.12 
 
 		 540 aa  225  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.12 
 
 		 542 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  45.29 
 
 		 545 aa  225  9e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.44 
 
 		 539 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.49 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 539 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 539 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.65 
 
 		 543 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.17 
 
 		 495 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.65 
 
 		 543 aa  222  8e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  42.8 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.7 
 
 		 539 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  42.8 
 
 		 484 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  41.7 
 
 		 539 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.18 
 
 		 539 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.33 
 
 		 540 aa  218  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.44 
 
 		 495 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  42.75 
 
 		 538 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.7 
 
 		 549 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.54 
 
 		 529 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.7 
 
 		 543 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.07 
 
 		 539 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.96 
 
 		 552 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40.22 
 
 		 525 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 526 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  42.8 
 
 		 522 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 592 aa  211  9e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>