More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2118 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2118  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 358 aa  738    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0916318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2902  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 341 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000829875  normal  0.0371482 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2932  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 353 aa  256  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 337 aa  255  9e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1537  AraC family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 339 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1471  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1656  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359761  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 339 aa  96.3  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 364 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 339 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 345 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 359 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 344 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 373 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 364 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 332 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 340 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 342 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  40.86 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  36.84 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  30.81 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 352 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 		 362 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 341 aa  72.8  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 353 aa  72.4  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 348 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 347 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 347 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1661  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 333 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 382 aa  72  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  29.61 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 362 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  43.9 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  43.9 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  44.19 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30620  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0924433 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 344 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 331 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  36.63 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 330 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  31.43 
 
 		 365 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>