More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1661 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1661  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  693    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 366 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 365 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3907  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 120 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3895  transcriptional regulator, AraC family  39.33 
 
 		 105 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  37.63 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2125  helix-turn-helix domain-containing protein  43.9 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 346 aa  73.2  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  37.63 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 345 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  34.86 
 
 		 343 aa  72.8  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2350  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 345 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2036  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 376 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2118  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 358 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0916318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  41.46 
 
 		 372 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7632  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 116 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2426  transcriptional regulator, AraC family  39.08 
 
 		 105 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438029  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 345 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 347 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3149  helix-turn-helix domain-containing protein  33.67 
 
 		 118 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0282952  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 348 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0545  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 347 aa  69.7  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 373 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 362 aa  69.3  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 364 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0269  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0662  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 339 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2234  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 99 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.440847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 345 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2519  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  35.05 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 362 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5976  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 335 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 345 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2205  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 392 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  36.05 
 
 		 354 aa  67  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  67.4  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 338 aa  67  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>