More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2920 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2920  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
355 aa  716    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  42.62 
 
 
509 aa  287  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  45.38 
 
 
471 aa  287  2e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  45.38 
 
 
471 aa  287  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  45.17 
 
 
476 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.35 
 
 
477 aa  285  7e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.87 
 
 
479 aa  285  9e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.3 
 
 
482 aa  285  9e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  45 
 
 
491 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.1 
 
 
477 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.58 
 
 
477 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.3 
 
 
477 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.18 
 
 
477 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.75 
 
 
477 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.18 
 
 
477 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.18 
 
 
477 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.18 
 
 
477 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  44.87 
 
 
479 aa  282  6.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.3 
 
 
477 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  42.02 
 
 
477 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.47 
 
 
477 aa  281  9e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  42.06 
 
 
476 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.31 
 
 
491 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.31 
 
 
491 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.31 
 
 
491 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  42.09 
 
 
477 aa  281  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.38 
 
 
477 aa  280  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  44.79 
 
 
494 aa  280  4e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  44.79 
 
 
494 aa  280  4e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.7 
 
 
477 aa  280  4e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.2 
 
 
501 aa  280  4e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.86 
 
 
491 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  42.86 
 
 
491 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.58 
 
 
491 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  42.86 
 
 
491 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.38 
 
 
466 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.02 
 
 
366 aa  273  3e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.72 
 
 
489 aa  272  5.000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  41.53 
 
 
487 aa  272  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  42.22 
 
 
488 aa  272  7e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  40.5 
 
 
493 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  41.78 
 
 
488 aa  269  5e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  41.55 
 
 
488 aa  268  8.999999999999999e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  43.49 
 
 
490 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  43.49 
 
 
490 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.35 
 
 
464 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.71 
 
 
464 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.71 
 
 
463 aa  265  7e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.94 
 
 
491 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.02 
 
 
466 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
464 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.88 
 
 
466 aa  262  8e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 
466 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.58 
 
 
467 aa  259  7e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.98 
 
 
467 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.35 
 
 
366 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.8 
 
 
489 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.51 
 
 
473 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.19 
 
 
366 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
460 aa  256  5e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.07 
 
 
454 aa  255  9e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
451 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.94 
 
 
453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.67 
 
 
409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3238  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.26 
 
 
662 aa  253  3e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0144494  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 
469 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.57 
 
 
560 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2683  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.46 
 
 
549 aa  252  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.272019  normal  0.67062 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2492  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.82 
 
 
452 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0114408 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.4 
 
 
379 aa  252  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.59 
 
 
458 aa  251  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
469 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
469 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.83 
 
 
623 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.99 
 
 
455 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.53 
 
 
453 aa  249  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.92 
 
 
457 aa  250  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.11 
 
 
469 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.12 
 
 
451 aa  249  5e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1516  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  52.08 
 
 
446 aa  249  5e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  41.11 
 
 
470 aa  249  7e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.21 
 
 
457 aa  249  7e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.48 
 
 
463 aa  249  7e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  49.04 
 
 
477 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.48 
 
 
495 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
468 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004047  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  39.89 
 
 
445 aa  247  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.114732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.82 
 
 
448 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.77 
 
 
448 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.12 
 
 
453 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.52 
 
 
464 aa  247  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0495  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
456 aa  247  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.4 
 
 
459 aa  246  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  44.31 
 
 
341 aa  246  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0475  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.71 
 
 
453 aa  247  3e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.318452  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.14 
 
 
335 aa  246  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.94 
 
 
462 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
472 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.4 
 
 
353 aa  246  4.9999999999999997e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3672  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  54.11 
 
 
504 aa  246  4.9999999999999997e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002131  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>