281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0987 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  100 
 
 		 211 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  48.56 
 
 		 209 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  40.12 
 
 		 211 aa  91.7  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  35.29 
 
 		 225 aa  89  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  37.97 
 
 		 284 aa  87  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  32.31 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  36.91 
 
 		 239 aa  85.5  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  41.32 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  34.36 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  31.5 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  37.75 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.09 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  32.39 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  33.69 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  31.89 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  30.2 
 
 		 362 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  31.98 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.39 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  38.04 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  34.39 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  36.95 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  31.94 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  31.69 
 
 		 236 aa  78.2  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  35.81 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  39.23 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  31.28 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  33.69 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  32.52 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  36.76 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  31.84 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  32.16 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  32.16 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  33.52 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  35.1 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  38.41 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  39.33 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  32.37 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  36.75 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  39.33 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  27 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  34.21 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  34.31 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  33.49 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  31.89 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  31.49 
 
 		 237 aa  72  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  35.83 
 
 		 246 aa  72  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  30.67 
 
 		 215 aa  72  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  39.07 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  35.22 
 
 		 260 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  31.84 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.17 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  32.45 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  30.7 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  32.7 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  29.61 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  30.95 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  32.93 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  30.65 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  31.67 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.88 
 
 		 246 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  31.72 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  30.18 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  33.81 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  32.98 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  36.6 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  29.41 
 
 		 252 aa  65.1  0.0000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  29.68 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  38.89 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  36.23 
 
 		 275 aa  65.1  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  32.24 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  31.43 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  31.92 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  30.61 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  37.76 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  30.14 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  28.84 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  29.03 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  31.92 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  37.91 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  35.14 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  32.14 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  37.25 
 
 		 260 aa  62  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  37.25 
 
 		 229 aa  62  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  30.94 
 
 		 283 aa  62  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  37.25 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  29.61 
 
 		 264 aa  62  0.000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  37.25 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 276 aa  61.6  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  37.25 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  37.25 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  31.41 
 
 		 253 aa  61.2  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  32.93 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  31.41 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>