More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0868 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 258 aa  530  1e-150  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 302 aa  188  7e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  43.04 
 
 		 263 aa  169  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  42.49 
 
 		 263 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  37.92 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1917  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3218  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 340 aa  157  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  42.11 
 
 		 281 aa  152  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2288  regulatory protein GntR HTH  42.11 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00127376  normal  0.752795 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  35.63 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  36.99 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  33.77 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  33.19 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  32.11 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 247 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  28.4 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  28.7 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  32.07 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  29.74 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.8 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  29.31 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  31.22 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  34.97 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  28.35 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  30.09 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  27.98 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  26.67 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 256 aa  73.9  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  30.09 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  27.98 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  27.98 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  32.46 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  32.1 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  26.25 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  26.25 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  26.25 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  25.82 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  29.9 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  29.89 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  26.25 
 
 		 242 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  27.13 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  30.81 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2520  GntR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  28.76 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  32.2 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5224  GntR domain protein  35.12 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  27.97 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 273 aa  68.6  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  30.21 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  32.16 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 267 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  29.65 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  28.83 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  30.46 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  28.81 
 
 		 256 aa  67  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  27.88 
 
 		 226 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  28.27 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  30.46 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  28.26 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  29.45 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  28.81 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  30.09 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.41 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  31.17 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.24 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  29.38 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  31.07 
 
 		 254 aa  65.5  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  24.58 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  28.19 
 
 		 379 aa  65.5  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  27.87 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  24.58 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  28.76 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>