134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2708 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2708  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  410  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1121  transcriptional regulator, PadR-like family  52.63 
 
 		 202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3549  transcriptional regulator, PadR-like family  47.15 
 
 		 232 aa  188  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.353373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6124  PadR-like family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.372402  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3223  transcriptional regulator, PadR-like family  45.18 
 
 		 215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.465508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4580  transcriptional regulator, PadR-like family  43.3 
 
 		 203 aa  164  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1487  transcriptional regulator, PadR-like family  44.69 
 
 		 198 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.241527  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2933  PadR-like family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.568859  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0122  PadR-like family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0136  PadR-like family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  45.41 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0122  PadR-like family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 190 aa  144  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.270668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3302  PadR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 190 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0112  PadR-like family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 190 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0121  PadR-like family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 190 aa  143  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5813  PadR-like family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0793449  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2974  PadR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412017  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0152  putative PadR transcriptional regulator  41.75 
 
 		 218 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.762671  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3335  PadR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1565  PadR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3948  PadR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4021  PadR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3036  PadR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3685  transcriptional regulator, PadR-like family  40.64 
 
 		 201 aa  132  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.389985 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0887  transcriptional regulator, PadR-like family  41.62 
 
 		 206 aa  131  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.84074  normal  0.410025 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3285  PadR-like family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 180 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.400255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0098  transcriptional regulator, PadR family  43.01 
 
 		 203 aa  126  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.846374  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0957  transcriptional regulator, PadR-like family  39.66 
 
 		 204 aa  119  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0586102  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3292  PadR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 210 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0813  transcriptional regulator, PadR-like family  43.1 
 
 		 201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4892  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428823  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4389  PadR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4755  transcriptional regulator, PadR-like family  40.22 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.208471  hitchhiker  0.00173659 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8807  transcriptional regulator, PadR-like family  36.75 
 
 		 215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1887  transcriptional regulator PadR family protein  33.53 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5591  transcriptional regulator, PadR-like family  35.64 
 
 		 210 aa  99.8  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3006  PadR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 187 aa  96.7  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.536861  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3830  PadR-like family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.037852  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3759  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 185 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.779947  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4125  hypothetical protein  29.78 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0396692  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4106  transcriptional repressor PadR  29.21 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.322832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1133  transcriptional repressor PadR  29.21 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.874315 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4052  hypothetical protein  29.78 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3911  hypothetical protein  30.54 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3743  transcriptional regulator  30.54 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898433  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4217  hypothetical protein  30.54 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000647114  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4019  hypothetical protein  30.54 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1446  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3185  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 193 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0506611  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3170  transcriptional regulator, PadR family domain protein  37.25 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  39.64 
 
 		 178 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1578  PadR-like family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.59882  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  32.52 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  33.13 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  31.33 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0784  transcriptional regulator, PadR-like family  31.01 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3222  transcriptional regulator, PadR-like family  30.18 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0346  transcriptional regulator, PadR-like family  32.78 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824785  normal  0.03301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4957  transcriptional regulator, PadR-like family  32.79 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4233  PadR-like family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3702  transcriptional regulator, PadR-like family  32.6 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0876  PadR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.184962  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5073  transcriptional regulator, PadR-like family  30.11 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.189916  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1727  PadR-like family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 179 aa  53.9  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.765397 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 176 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1777  hypothetical protein  25.77 
 
 		 176 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.354573 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 		 180 aa  52  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3098  PadR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 187 aa  50.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 249 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3567  PadR-like family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.979058  normal  0.850546 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37830  transcriptional regulator, PadR family  32.58 
 
 		 227 aa  49.7  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9364  transcriptional regulator protein-like protein  31.55 
 
 		 224 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401607  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0503  transcriptional regulator, PadR-like family  24.12 
 
 		 179 aa  48.9  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100232  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  25.86 
 
 		 174 aa  48.9  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7032  transcriptional regulator, PadR-like family  35.04 
 
 		 181 aa  48.5  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  30.3 
 
 		 174 aa  48.9  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  26.55 
 
 		 179 aa  48.9  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2137  PadR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 199 aa  48.5  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 175 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  42.47 
 
 		 263 aa  48.1  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  35.44 
 
 		 175 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7317  PadR-like family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3045  transcriptional regulator, PadR-like family  29.73 
 
 		 187 aa  48.1  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0118397 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  28.81 
 
 		 178 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39320  transcriptional regulator, PadR family  32.77 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.700238 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5080  PadR-like family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.6626  hitchhiker  0.0000475922 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  35.9 
 
 		 252 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 181 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4562  transcriptional regulator PadR family protein  29.9 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.605184  normal  0.596762 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 154 aa  46.2  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24890  predicted transcriptional regulator  34.67 
 
 		 111 aa  46.2  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  26.09 
 
 		 184 aa  46.2  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>