252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3339 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  54.23 
 
 
800 aa  900    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  61.29 
 
 
853 aa  951    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  52.61 
 
 
828 aa  785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  48.48 
 
 
814 aa  801    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  56.87 
 
 
798 aa  884    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  59.21 
 
 
676 aa  794    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  63.78 
 
 
724 aa  835    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  100 
 
 
854 aa  1698    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  51.23 
 
 
840 aa  811    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  42.35 
 
 
784 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  41.7 
 
 
769 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  41.85 
 
 
803 aa  566  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.58 
 
 
772 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  38.98 
 
 
807 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.88 
 
 
799 aa  534  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.21 
 
 
796 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.59 
 
 
809 aa  523  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.28 
 
 
844 aa  522  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.35 
 
 
803 aa  521  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  39.23 
 
 
800 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  38.77 
 
 
777 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  44.91 
 
 
783 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.02 
 
 
772 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  37.98 
 
 
803 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  36.98 
 
 
801 aa  511  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  36.74 
 
 
818 aa  508  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  37.86 
 
 
803 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  43.57 
 
 
806 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.17 
 
 
800 aa  508  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  37.24 
 
 
805 aa  502  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  36.52 
 
 
805 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  36.99 
 
 
805 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  37.67 
 
 
788 aa  499  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  42.66 
 
 
803 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  42 
 
 
837 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.05 
 
 
779 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  42.81 
 
 
803 aa  498  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  37.64 
 
 
854 aa  499  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  37.7 
 
 
747 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.41 
 
 
791 aa  494  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  36.5 
 
 
805 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  37.63 
 
 
803 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  43.34 
 
 
801 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.38 
 
 
809 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.65 
 
 
796 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.39 
 
 
747 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.22 
 
 
781 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  44.25 
 
 
777 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.5 
 
 
747 aa  489  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.16 
 
 
807 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  40.85 
 
 
796 aa  486  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.5 
 
 
747 aa  489  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.5 
 
 
747 aa  489  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  41 
 
 
796 aa  488  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  43.85 
 
 
781 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  42.06 
 
 
799 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  41.06 
 
 
803 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  40.93 
 
 
794 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  41.15 
 
 
775 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  42.16 
 
 
776 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  40.89 
 
 
776 aa  465  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  34.98 
 
 
791 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  40.82 
 
 
779 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  39.48 
 
 
811 aa  451  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  39.81 
 
 
779 aa  450  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.51 
 
 
812 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  35.11 
 
 
868 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.13 
 
 
639 aa  438  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  37.86 
 
 
809 aa  435  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.44 
 
 
752 aa  429  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.5 
 
 
669 aa  414  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  39.51 
 
 
809 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  42.83 
 
 
852 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.3 
 
 
680 aa  379  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41.51 
 
 
837 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.58 
 
 
856 aa  364  3e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  29.96 
 
 
722 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  29.87 
 
 
698 aa  247  8e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  30.3 
 
 
651 aa  232  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  34.26 
 
 
731 aa  223  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  34.48 
 
 
720 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.49 
 
 
747 aa  216  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  28.66 
 
 
671 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  35.81 
 
 
704 aa  204  7e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  32.08 
 
 
701 aa  201  7e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  31.9 
 
 
718 aa  192  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  32.72 
 
 
732 aa  187  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  30.99 
 
 
769 aa  174  9e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  30.17 
 
 
705 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  25.87 
 
 
724 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.09 
 
 
707 aa  160  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  27.53 
 
 
726 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  25 
 
 
573 aa  157  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  24.05 
 
 
577 aa  157  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>