93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0203 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0203  TniB family protein  100 
 
 		 296 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461538 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2504  transposon transposition helper protein C, putative  67.13 
 
 		 294 aa  419  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.059168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  60.75 
 
 		 296 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2132  TniB family protein  65.99 
 
 		 203 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.521965  normal  0.0287257 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0124  putative NTP-binding protein TniB  46.89 
 
 		 298 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1646  TniB  38.64 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0188  urease, alpha subunit  38.52 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3578  TniB family protein  38.75 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0550246  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4973  NTP-binding protein TniB  37.72 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899984  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4044  NTP-binding protein TniB  37.72 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160827  normal  0.440608 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3009  hypothetical protein  37.72 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00246617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1579  TniB family protein  37.93 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0154252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0157  transposition protein TniB  39.63 
 
 		 286 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1681  TniB family protein  36.81 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.844069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2935  TniB family protein  36.81 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.734369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2172  TniB family protein  37.5 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1347  TniB family protein  37.5 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1223  TniB family protein  37.5 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.985075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2647  TniB family protein  37.5 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288166  normal  0.0374868 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  38.85 
 
 		 289 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  38.85 
 
 		 289 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1174  transposition protein TniB  39.61 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2523  TniB family protein  35.42 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.122196 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6260  TniB  38.46 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  36.26 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4979  TniB family protein  35.76 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635243 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4235  hypothetical protein  37.23 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.814526 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3048  TniB  40.3 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.37719 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  37.09 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4686  TniB family protein  35.14 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.60041  normal  0.0211663 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4383  TniB  35.86 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0720685  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4305  TniB  35.86 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893182  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4603  TniB  35.86 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.956661  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4221  TniB  35.86 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341366  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1591  TniB  31.9 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.545721  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0694  TniB  31.9 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.127413  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0219  TniB family protein  33.6 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.858856  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5461  TniB family protein  32.85 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.93146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  36.74 
 
 		 497 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4287  TniB  34.48 
 
 		 440 aa  122  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105258  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4393  TniB  30.53 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4507  TniB  28.52 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06218  hypothetical protein  24.12 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5454  TniB  32.85 
 
 		 167 aa  74.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2266  hypothetical protein  30.23 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3128  uncharacterized ATPase putative transposase  25.86 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.765042 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2200  uncharacterized ATPase putative transposase  25.86 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.866593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2187  hypothetical protein  26.92 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0976  TniB family protein  25.43 
 
 		 276 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.104789 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2982  TniB family protein  28.12 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5455  hypothetical protein  35.58 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.201732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1151  hypothetical protein  24.57 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0016  AAA ATPase  27.36 
 
 		 312 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2234  AAA ATPase  26.64 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.389055  decreased coverage  0.000860852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3861  hypothetical protein  24.45 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0197504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4199  hypothetical protein  23.68 
 
 		 340 aa  56.2  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  26.97 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3151  hypothetical protein  24.47 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  25.21 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5217  hypothetical protein  24.47 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.213042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  26.97 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  26.97 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  26.97 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3040  TniB  32.58 
 
 		 98 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3219  ATP/GTP-binding protein  28.76 
 
 		 342 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.184147  normal  0.517488 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5057  hypothetical protein  24.47 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.847367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3107  transposon Tn7 transposition protein C  22.98 
 
 		 490 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0459795 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4716  hypothetical protein  24.9 
 
 		 354 aa  53.5  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0376  hypothetical protein  24.76 
 
 		 330 aa  53.9  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1341  hypothetical protein  27.48 
 
 		 268 aa  53.1  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  normal  0.280158 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  24.22 
 
 		 302 aa  53.1  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3952  Tn7-like transposition protein C  26.32 
 
 		 500 aa  52.8  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0497  hypothetical protein  23.73 
 
 		 377 aa  52.8  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.129503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1115  Tn7-like transposition protein C  25.49 
 
 		 551 aa  50.4  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3503  AAA ATPase  25.19 
 
 		 345 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4576  AAA ATPase  25.19 
 
 		 345 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0612  ATP/GTP-binding protein  27.07 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.775808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3182  putative ATP/GTP-binding protein  27.07 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  22.97 
 
 		 310 aa  49.7  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1703  hypothetical protein  22.05 
 
 		 322 aa  49.7  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0459  transposition protein, putative  25.8 
 
 		 332 aa  49.3  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2930  hypothetical protein  25.17 
 
 		 530 aa  48.5  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0247  AAA ATPase  27.11 
 
 		 562 aa  47.8  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.472515 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5416  AAA ATPase  23.61 
 
 		 393 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.740206 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5592  AAA ATPase  23.61 
 
 		 393 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4322  hypothetical protein  22.13 
 
 		 478 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7025  Tn7-like transposition protein C  23.67 
 
 		 352 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5193  Tn7-like transposition protein C  25.6 
 
 		 467 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0176  Tn7-like transposition protein C  23.27 
 
 		 550 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1191  hypothetical protein  28.67 
 
 		 360 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.360299  normal  0.2185 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1872  Tn7-like transposition protein C  22.55 
 
 		 551 aa  43.5  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1870  hypothetical protein  28.89 
 
 		 691 aa  42.7  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0017  hypothetical protein  21.49 
 
 		 335 aa  42.4  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>