93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0015 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  100 
 
 
319 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  100 
 
 
319 aa  655    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  100 
 
 
319 aa  655    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  100 
 
 
319 aa  655    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0016  AAA ATPase  35.06 
 
 
312 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  32.56 
 
 
302 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06218  hypothetical protein  28.19 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2234  AAA ATPase  30.88 
 
 
304 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.389055  decreased coverage  0.000860852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  28.52 
 
 
377 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  24.6 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3578  TniB family protein  31.84 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0550246  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  30.12 
 
 
289 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1703  hypothetical protein  25.9 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1646  TniB  25.73 
 
 
300 aa  72.8  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0376  hypothetical protein  25.41 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2266  hypothetical protein  26.48 
 
 
315 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1174  transposition protein TniB  27.43 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  31.52 
 
 
289 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0157  transposition protein TniB  27.43 
 
 
286 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359337  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  31.52 
 
 
289 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0026  hypothetical protein  28.85 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4973  NTP-binding protein TniB  27.43 
 
 
302 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899984  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4044  NTP-binding protein TniB  27.43 
 
 
302 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160827  normal  0.440608 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3009  hypothetical protein  27.43 
 
 
302 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00246617 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  24.9 
 
 
307 aa  65.9  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6260  TniB  28.29 
 
 
289 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0017  hypothetical protein  30.18 
 
 
335 aa  63.9  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0219  TniB family protein  22.66 
 
 
325 aa  63.5  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.858856  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2935  TniB family protein  24.46 
 
 
301 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.734369  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1681  TniB family protein  24.46 
 
 
301 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.844069  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1579  TniB family protein  25.7 
 
 
301 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0154252  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4221  TniB  24.8 
 
 
293 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341366  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4305  TniB  24.8 
 
 
293 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893182  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4383  TniB  24.8 
 
 
293 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0720685  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4603  TniB  24.8 
 
 
293 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.956661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0124  putative NTP-binding protein TniB  25.61 
 
 
298 aa  60.1  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2523  TniB family protein  24.68 
 
 
301 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.122196 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4979  TniB family protein  25.11 
 
 
301 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635243 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3048  TniB  27.37 
 
 
303 aa  59.3  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.37719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  25.74 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2647  TniB family protein  26.53 
 
 
298 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288166  normal  0.0374868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2172  TniB family protein  26.53 
 
 
298 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248869  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1347  TniB family protein  26.53 
 
 
298 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1223  TniB family protein  26.53 
 
 
298 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.985075  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1151  hypothetical protein  25.21 
 
 
278 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.275843 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2504  transposon transposition helper protein C, putative  29.03 
 
 
294 aa  56.6  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.059168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0029  transposition helper protein  28.74 
 
 
311 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3874  AAA ATPase  29.26 
 
 
351 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0247  AAA ATPase  26.29 
 
 
562 aa  55.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.472515 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3151  hypothetical protein  25.32 
 
 
312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5217  hypothetical protein  25.32 
 
 
312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.213042 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0203  TniB family protein  26.97 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000461538 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5193  Tn7-like transposition protein C  22.6 
 
 
467 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2132  TniB family protein  29.21 
 
 
203 aa  54.3  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.521965  normal  0.0287257 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5057  hypothetical protein  25 
 
 
312 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.847367  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1365  hypothetical protein  24.28 
 
 
355 aa  53.5  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0838542  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1982  AAA ATPase  27.85 
 
 
382 aa  53.1  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.135129 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4235  hypothetical protein  28.89 
 
 
292 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.814526 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06977  hypothetical protein  34.13 
 
 
196 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5461  TniB family protein  25.74 
 
 
297 aa  52  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.93146  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4741  AAA ATPase  30.59 
 
 
335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1630  hypothetical protein  25.23 
 
 
313 aa  50.1  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2176  hypothetical protein  21.33 
 
 
316 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.476118  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1591  TniB  22.96 
 
 
313 aa  49.7  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.545721  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0694  TniB  22.96 
 
 
313 aa  49.7  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.127413  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4721  AAA ATPase  22.07 
 
 
327 aa  49.3  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.895386  normal  0.068339 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3949  Tn7-like transposition protein C  24.56 
 
 
565 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0976  TniB family protein  26.79 
 
 
276 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.104789 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5455  hypothetical protein  33.66 
 
 
135 aa  47  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.201732  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3861  hypothetical protein  26.43 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0197504 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  26.7 
 
 
497 aa  46.6  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4686  TniB family protein  23.95 
 
 
301 aa  46.6  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.60041  normal  0.0211663 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3952  Tn7-like transposition protein C  25.21 
 
 
500 aa  46.2  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1341  hypothetical protein  27.98 
 
 
268 aa  45.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  normal  0.280158 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0211  hypothetical protein  25.23 
 
 
356 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2896  hypothetical protein  25.23 
 
 
356 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0188  urease, alpha subunit  25.73 
 
 
293 aa  45.8  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2930  hypothetical protein  26.67 
 
 
530 aa  45.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0192  ATPase  25.53 
 
 
492 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.866299  normal  0.0299371 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0066  ATPase  25.53 
 
 
492 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4945  ATPase  25.53 
 
 
492 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.206072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1331  ATPase  25.53 
 
 
492 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1714  ATPase  25.53 
 
 
492 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0459  transposition protein, putative  23.79 
 
 
332 aa  45.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1037  AAA ATPase  24.63 
 
 
388 aa  44.3  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2325  Tn7-like transposition protein C  23.91 
 
 
568 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000840963 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4393  TniB  24.66 
 
 
292 aa  43.9  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2200  uncharacterized ATPase putative transposase  24.24 
 
 
276 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.866593  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3128  uncharacterized ATPase putative transposase  24.24 
 
 
276 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.765042 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2452  AAA ATPase  25.3 
 
 
371 aa  43.1  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  hitchhiker  0.000127751 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1115  Tn7-like transposition protein C  22.75 
 
 
551 aa  43.1  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1872  Tn7-like transposition protein C  20.66 
 
 
551 aa  43.1  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0144  Tn7-like transposition protein C  22.95 
 
 
559 aa  42.7  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23135  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>