104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1681 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1681  TniB family protein  100 
 
 		 301 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.844069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2935  TniB family protein  100 
 
 		 301 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.734369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2523  TniB family protein  91.69 
 
 		 301 aa  569  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.122196 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4979  TniB family protein  91.69 
 
 		 301 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1579  TniB family protein  89.37 
 
 		 301 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0154252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1646  TniB  39.52 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0124  putative NTP-binding protein TniB  38.3 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3578  TniB family protein  34.62 
 
 		 308 aa  199  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0550246  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3009  hypothetical protein  34.59 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00246617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4044  NTP-binding protein TniB  34.59 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160827  normal  0.440608 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4973  NTP-binding protein TniB  34.59 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899984  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0203  TniB family protein  36.81 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461538 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2504  transposon transposition helper protein C, putative  36.75 
 
 		 294 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.059168  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1223  TniB family protein  37.46 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.985075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1347  TniB family protein  37.46 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2172  TniB family protein  37.46 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2647  TniB family protein  37.46 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288166  normal  0.0374868 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0157  transposition protein TniB  34.64 
 
 		 286 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  36.01 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  36.96 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3048  TniB  36.93 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.37719 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  36.33 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  36.33 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6260  TniB  36.36 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1174  transposition protein TniB  34.59 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4221  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341366  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4305  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893182  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4383  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0720685  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4603  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.956661  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4235  hypothetical protein  35.23 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.814526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0188  urease, alpha subunit  33.33 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  32.71 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0694  TniB  31.27 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.127413  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1591  TniB  31.27 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.545721  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4686  TniB family protein  32.03 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.60041  normal  0.0211663 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4393  TniB  31.47 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0219  TniB family protein  28.76 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.858856  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2132  TniB family protein  38.02 
 
 		 203 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.521965  normal  0.0287257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  34.11 
 
 		 497 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5461  TniB family protein  32.34 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.93146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4287  TniB  33.33 
 
 		 440 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105258  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4507  TniB  27.27 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5454  TniB  33.73 
 
 		 167 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5455  hypothetical protein  35.24 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.201732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  24.46 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  24.46 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  24.46 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  24.46 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0016  AAA ATPase  27.81 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0026  hypothetical protein  26.84 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1982  AAA ATPase  24.92 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.135129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2089  hypothetical protein  23.32 
 
 		 356 aa  56.6  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.705545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1703  hypothetical protein  23.62 
 
 		 322 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2266  hypothetical protein  22.75 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0976  TniB family protein  23.46 
 
 		 276 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.104789 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2234  AAA ATPase  27.08 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.389055  decreased coverage  0.000860852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  22.73 
 
 		 310 aa  53.5  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  28.51 
 
 		 377 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4753  hypothetical protein  25.58 
 
 		 362 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.713653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06218  hypothetical protein  21.66 
 
 		 326 aa  52.8  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3151  hypothetical protein  25.48 
 
 		 312 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5217  hypothetical protein  25.48 
 
 		 312 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.213042 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0612  ATP/GTP-binding protein  21.05 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.775808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3182  putative ATP/GTP-binding protein  21.05 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5057  hypothetical protein  25.48 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.847367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1151  hypothetical protein  21.72 
 
 		 278 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275843 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  23.67 
 
 		 302 aa  50.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0017  hypothetical protein  29.48 
 
 		 335 aa  50.1  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3219  ATP/GTP-binding protein  24.12 
 
 		 342 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.184147  normal  0.517488 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3945  transposon Tn7 transposition protein TnsC  23.83 
 
 		 536 aa  48.5  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4721  AAA ATPase  23.11 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.895386  normal  0.068339 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4741  AAA ATPase  27.98 
 
 		 335 aa  47.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2452  AAA ATPase  23.44 
 
 		 371 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  hitchhiker  0.000127751 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2606  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  29.19 
 
 		 758 aa  46.2  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2692  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  29.19 
 
 		 758 aa  46.2  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000885828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1674  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.56 
 
 		 759 aa  45.8  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.521832 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2537  hypothetical protein  27.21 
 
 		 357 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2367  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  27.81 
 
 		 758 aa  45.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1366  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  28.21 
 
 		 747 aa  44.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000942242  normal  0.444853 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5592  AAA ATPase  21.78 
 
 		 393 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5416  AAA ATPase  21.78 
 
 		 393 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.740206 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2267  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  27.15 
 
 		 759 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1809  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  23.57 
 
 		 705 aa  43.9  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000172721  hitchhiker  0.000000000383819 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00887  ATPase and specificity subunit of ClpA-ClpP ATP-dependent serine protease, chaperone activity  27.15 
 
 		 710 aa  43.5  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.234968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2760  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00164003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0986  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248309  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0955  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000349844  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2278  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0258572  normal  0.0153878 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2447  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0676288  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0947  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 763 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.031129  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1043  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00918554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2982  TniB family protein  20.44 
 
 		 290 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00893  hypothetical protein  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.1419  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2896  hypothetical protein  26.04 
 
 		 356 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0211  hypothetical protein  26.04 
 
 		 356 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0980  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1044  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1063  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1013  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 758 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1399  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  27.15 
 
 		 759 aa  43.1  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.103795 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>