More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0046 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 272 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  98.9 
 
 		 272 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  84.36 
 
 		 267 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  79.47 
 
 		 266 aa  414  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  78.52 
 
 		 277 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  58.46 
 
 		 276 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  61.18 
 
 		 272 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  59.22 
 
 		 272 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.69 
 
 		 273 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 		 270 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 		 290 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 		 273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 		 262 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  55.29 
 
 		 259 aa  232  5e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 		 261 aa  229  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 		 264 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 		 255 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.12 
 
 		 261 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 		 255 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  48.97 
 
 		 268 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  47.33 
 
 		 250 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 		 256 aa  192  6e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 		 266 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  46.94 
 
 		 257 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  44.05 
 
 		 263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 251 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 264 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 255 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  40.25 
 
 		 259 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 		 258 aa  175  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 		 256 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 		 256 aa  174  9e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  43.65 
 
 		 257 aa  172  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  42.74 
 
 		 261 aa  171  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 264 aa  171  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 		 253 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 254 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 		 247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 248 aa  153  4e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1710  Dehydrogenase-like protein  47.75 
 
 		 251 aa  152  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 		 267 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 		 267 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 		 267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.76 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.76 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.76 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  41.76 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.76 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.4 
 
 		 263 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.76 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 267 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41 
 
 		 267 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0521  hypothetical protein  43.1 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0342  hypothetical protein  43.1 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00283447  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0329  hypothetical protein  43.1 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0292  hypothetical protein  43.1 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3133  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  34.44 
 
 		 249 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 237 aa  129  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  35.5 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 		 245 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  36.48 
 
 		 259 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 		 241 aa  122  7e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3383  hypothetical protein  43.1 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000331188  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3056  hypothetical protein  43.1 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.741857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2037  hypothetical protein  43.1 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2247  hypothetical protein  43.1 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  38.62 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0995  pteridine reductase  34.72 
 
 		 267 aa  120  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0277156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 		 247 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  36.95 
 
 		 245 aa  118  9e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  37.2 
 
 		 245 aa  118  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0649  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  35.66 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  36.69 
 
 		 251 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0924  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.41 
 
 		 260 aa  116  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171605  normal  0.571441 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  37.76 
 
 		 245 aa  115  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 		 249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 		 258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 		 248 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 		 249 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>