More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4506 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2037  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.97 
 
 		 675 aa  639    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.45 
 
 		 647 aa  803    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0931663  normal  0.549612 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1604  polysaccharide biosynthesis protein CapD  82.78 
 
 		 651 aa  1039    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.43289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4163  polysaccharide biosynthesis protein CapD  77.01 
 
 		 643 aa  989    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.737802  normal  0.887363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1616  polysaccharide biosynthesis protein CapD  72.76 
 
 		 638 aa  921    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1300  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.42 
 
 		 642 aa  855    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2799  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.88 
 
 		 633 aa  799    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5666  putative polysaccharide biosynthesis protein  71.09 
 
 		 637 aa  894    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.811762 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2312  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.32 
 
 		 657 aa  639    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623811  normal  0.165216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4506  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 641 aa  1297    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1642  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.07 
 
 		 662 aa  597  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.472586  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1998  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.63 
 
 		 657 aa  595  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0455  polysaccharide biosynthesis protein CapD  56.11 
 
 		 653 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.70203  normal  0.0478579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.39 
 
 		 670 aa  555  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00189901 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.47 
 
 		 664 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.250562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.58 
 
 		 652 aa  389  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4568  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.11 
 
 		 731 aa  362  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.730165  normal  0.516333 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2281  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40 
 
 		 630 aa  362  1e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.06 
 
 		 626 aa  357  3.9999999999999996e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.41 
 
 		 644 aa  350  4e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  35.35 
 
 		 647 aa  342  8e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1040  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.13 
 
 		 633 aa  342  1e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.8 
 
 		 617 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.7 
 
 		 614 aa  340  2.9999999999999998e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.98 
 
 		 610 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  34.44 
 
 		 603 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.78 
 
 		 638 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  36.02 
 
 		 604 aa  327  3e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1535  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.46 
 
 		 635 aa  327  3e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  35.21 
 
 		 635 aa  327  3e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  37.86 
 
 		 614 aa  327  6e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.01 
 
 		 613 aa  326  1e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1592  epimerase/dehydratase protein  38.46 
 
 		 635 aa  325  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.06 
 
 		 612 aa  325  2e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.35 
 
 		 637 aa  325  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.91 
 
 		 647 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.63 
 
 		 680 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.81 
 
 		 647 aa  318  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.84 
 
 		 607 aa  318  2e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  34.24 
 
 		 621 aa  317  4e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  34.24 
 
 		 621 aa  315  9.999999999999999e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1651  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.28 
 
 		 637 aa  315  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449332  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.62 
 
 		 646 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.07 
 
 		 609 aa  312  1e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.74 
 
 		 613 aa  311  2.9999999999999997e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.55 
 
 		 612 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00896  epimerase  36.48 
 
 		 635 aa  307  4.0000000000000004e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  37.1 
 
 		 615 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.81 
 
 		 670 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.28 
 
 		 651 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.38 
 
 		 612 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.18 
 
 		 635 aa  303  9e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.47 
 
 		 627 aa  301  2e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.15 
 
 		 643 aa  301  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.34 
 
 		 625 aa  300  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.3 
 
 		 652 aa  301  4e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.05 
 
 		 650 aa  300  8e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.58 
 
 		 620 aa  299  9e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.56 
 
 		 607 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.87 
 
 		 630 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  34.35 
 
 		 637 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.56 
 
 		 611 aa  298  3e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.33 
 
 		 643 aa  297  4e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.66 
 
 		 616 aa  297  5e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.87 
 
 		 619 aa  297  5e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.02 
 
 		 627 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.23 
 
 		 627 aa  296  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.54 
 
 		 656 aa  296  1e-78  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  34.03 
 
 		 656 aa  293  6e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.7 
 
 		 648 aa  293  7e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.97 
 
 		 628 aa  292  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.32 
 
 		 641 aa  292  1e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.19 
 
 		 627 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.19 
 
 		 627 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.19 
 
 		 627 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.73 
 
 		 676 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  34.55 
 
 		 625 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.14 
 
 		 633 aa  290  6e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.05 
 
 		 642 aa  288  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.08 
 
 		 629 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.99 
 
 		 600 aa  286  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0082  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.2 
 
 		 660 aa  284  4.0000000000000003e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  33.75 
 
 		 649 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  32.89 
 
 		 614 aa  283  6.000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.84 
 
 		 628 aa  283  7.000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.83 
 
 		 653 aa  283  9e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.57 
 
 		 664 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.23 
 
 		 652 aa  281  3e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  32.5 
 
 		 613 aa  278  2e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.93 
 
 		 605 aa  278  3e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.93 
 
 		 605 aa  278  3e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  33.81 
 
 		 635 aa  278  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.87 
 
 		 664 aa  276  9e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  31.83 
 
 		 665 aa  276  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>