More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3656 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 652 aa  1295    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.99 
 
 		 664 aa  516  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.250562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1040  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.03 
 
 		 633 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4568  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.13 
 
 		 731 aa  476  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.730165  normal  0.516333 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  43.4 
 
 		 614 aa  442  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.18 
 
 		 626 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.96 
 
 		 617 aa  435  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.38 
 
 		 644 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  40.42 
 
 		 615 aa  429  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2281  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.4 
 
 		 630 aa  432  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.3 
 
 		 614 aa  427  1e-118  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.19 
 
 		 646 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  38.99 
 
 		 647 aa  422  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.76 
 
 		 638 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.23 
 
 		 637 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.97 
 
 		 647 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.02 
 
 		 635 aa  410  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.62 
 
 		 647 aa  412  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  38.63 
 
 		 635 aa  411  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  40.45 
 
 		 621 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  40.45 
 
 		 621 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.19 
 
 		 627 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.63 
 
 		 627 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  41.31 
 
 		 625 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  44.88 
 
 		 656 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.98 
 
 		 628 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.26 
 
 		 630 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.97 
 
 		 629 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  44.88 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  43.07 
 
 		 649 aa  396  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.63 
 
 		 627 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1616  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.74 
 
 		 638 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.63 
 
 		 627 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.63 
 
 		 627 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1300  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.15 
 
 		 642 aa  395  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.36 
 
 		 625 aa  395  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.72 
 
 		 607 aa  392  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1535  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.64 
 
 		 635 aa  389  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1592  epimerase/dehydratase protein  39.74 
 
 		 635 aa  391  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.72 
 
 		 670 aa  387  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.17 
 
 		 610 aa  388  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.48 
 
 		 643 aa  384  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.99 
 
 		 612 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4163  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.1 
 
 		 643 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.737802  normal  0.887363 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.27 
 
 		 609 aa  383  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.01 
 
 		 612 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.48 
 
 		 613 aa  384  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.35 
 
 		 612 aa  380  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34 
 
 		 652 aa  380  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.82 
 
 		 651 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  39.53 
 
 		 603 aa  377  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4459  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.99 
 
 		 641 aa  376  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.27 
 
 		 643 aa  377  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.8 
 
 		 613 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  39.92 
 
 		 604 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00896  epimerase  40.76 
 
 		 635 aa  378  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4506  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.64 
 
 		 641 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.75 
 
 		 650 aa  374  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.2 
 
 		 627 aa  375  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1651  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.96 
 
 		 637 aa  375  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449332  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.51 
 
 		 629 aa  372  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.79 
 
 		 680 aa  371  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.4 
 
 		 647 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0931663  normal  0.549612 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.55 
 
 		 600 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5666  putative polysaccharide biosynthesis protein  37.32 
 
 		 637 aa  372  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.811762 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.27 
 
 		 656 aa  371  1e-101  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2927  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.48 
 
 		 633 aa  365  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.914767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.07 
 
 		 653 aa  365  2e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.76 
 
 		 642 aa  363  5.0000000000000005e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.93 
 
 		 641 aa  363  6e-99  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1604  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.28 
 
 		 651 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.43289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  37.83 
 
 		 613 aa  360  4e-98  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.76 
 
 		 633 aa  359  9.999999999999999e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2312  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.01 
 
 		 657 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623811  normal  0.165216 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.72 
 
 		 607 aa  358  2.9999999999999997e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.72 
 
 		 611 aa  357  3.9999999999999996e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.22 
 
 		 648 aa  357  3.9999999999999996e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.35 
 
 		 616 aa  356  7.999999999999999e-97  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2037  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.01 
 
 		 675 aa  356  8.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.75 
 
 		 620 aa  355  2e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  38.5 
 
 		 665 aa  353  4e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.93 
 
 		 676 aa  353  7e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.4 
 
 		 605 aa  352  2e-95  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.44 
 
 		 664 aa  351  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.38 
 
 		 647 aa  351  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.4 
 
 		 605 aa  352  2e-95  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0086  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.29 
 
 		 645 aa  350  5e-95  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2799  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.38 
 
 		 633 aa  348  2e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0082  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.89 
 
 		 660 aa  347  4e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.26 
 
 		 619 aa  346  6e-94  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0301  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.53 
 
 		 623 aa  345  1e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  36.35 
 
 		 614 aa  345  1e-93  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  38.43 
 
 		 644 aa  345  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.8 
 
 		 627 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>