121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0081 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
312 aa  620  1e-176  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  83.17 
 
 
312 aa  510  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  0.0000148939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
321 aa  152  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0141564  hitchhiker  0.00538741 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
317 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.09 
 
 
341 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
366 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
315 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
315 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
354 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
323 aa  115  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
350 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
366 aa  112  6e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
368 aa  112  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  32.05 
 
 
376 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  31.99 
 
 
335 aa  110  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
362 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
359 aa  109  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
328 aa  108  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
368 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
361 aa  105  9e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
402 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
357 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
357 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
357 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
345 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
307 aa  100  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.43 
 
 
331 aa  99.8  6e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
355 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 
376 aa  95.5  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
347 aa  94  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  32.86 
 
 
357 aa  93.2  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
358 aa  90.5  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4356  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.773197 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
358 aa  86.7  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
349 aa  86.3  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  29.56 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.2 
 
 
589 aa  84  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.28 
 
 
357 aa  84  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
368 aa  80.1  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.27 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
388 aa  76.3  0.0000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
318 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
332 aa  73.9  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
365 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
351 aa  72.4  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
349 aa  68.2  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
325 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
350 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
320 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  27.8 
 
 
318 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
374 aa  57  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2838  UDP-glucose 4-epimerase  26.42 
 
 
340 aa  54.3  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
332 aa  53.5  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
340 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1173  UDP-galactose-4-epimerase  25.61 
 
 
338 aa  53.5  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.02 
 
 
349 aa  52.8  0.000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
330 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
338 aa  51.2  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 
305 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.77 
 
 
347 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000160  UDP-glucose 4-epimerase  29.77 
 
 
338 aa  50.1  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0154193  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
331 aa  49.7  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2855  UDP-galactose-4-epimerase  27.6 
 
 
338 aa  49.7  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2943  UDP-galactose-4-epimerase  27.6 
 
 
338 aa  49.7  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0714  UDP-glucose 4-epimerase  29.17 
 
 
338 aa  49.3  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.168591  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
321 aa  49.3  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2886  UDP-galactose-4-epimerase  25.85 
 
 
338 aa  49.3  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.632321  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  24.26 
 
 
318 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05793  UDP-glucose 4-epimerase  26.63 
 
 
338 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2285  UDP-glucose 4-epimerase  29.44 
 
 
351 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1413  UDP-galactose-4-epimerase  27.27 
 
 
338 aa  48.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2591  UDP-galactose 4-epimerase  32.78 
 
 
337 aa  47.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.496154  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1753  UDP-glucose 4-epimerase  24.46 
 
 
339 aa  47.4  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0261532  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  29.38 
 
 
329 aa  47  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
328 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
328 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 
372 aa  47  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  30.69 
 
 
329 aa  46.2  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 
320 aa  46.6  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
363 aa  46.6  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  28.09 
 
 
319 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.42 
 
 
299 aa  46.2  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0852  epimerase/dehydratase family protein, putative  24.89 
 
 
336 aa  45.4  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0164589  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
351 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1410  UDP-glucose 4-epimerase  28.65 
 
 
339 aa  45.8  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.935662  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
328 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.5 
 
 
320 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.5 
 
 
320 aa  45.8  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09200  UDP-galactose 4-epimerase  32.97 
 
 
332 aa  45.8  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3676  UDP-glucose 4-epimerase  23.95 
 
 
339 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 
356 aa  44.3  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>