243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5210 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5210  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 
254 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.39218  normal  0.210604 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1469  4-oxalocrotonate decarboxylase  69.8 
 
 
257 aa  348  6e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7643  4-oxalocrotonate decarboxylase  70.61 
 
 
257 aa  328  6e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.905012 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5500  4-oxalocrotonate decarboxylase  70.17 
 
 
266 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5137  hydratase/decarboxylase  64.49 
 
 
259 aa  298  8e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.838757  normal  0.0331511 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1480  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.19 
 
 
254 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0912  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.39 
 
 
259 aa  254  8e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.704461  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01663  4-oxalocrotonate decarboxylase protein  54.69 
 
 
263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0913733  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3851  hydratase/decarboxylase  50 
 
 
256 aa  244  6.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0976371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1150  4-oxalocrotonate decarboxylase  51 
 
 
254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454229  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3521  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.28 
 
 
257 aa  228  9e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.285108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1406  4-oxalocrotonate decarboxylase  49.12 
 
 
261 aa  226  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2010  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.27 
 
 
256 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3524  4-oxalocrotonate decarboxylase  50.4 
 
 
257 aa  209  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9112  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.85 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3899  4-oxalocrotonate decarboxylase  50.8 
 
 
257 aa  195  7e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.553446 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.17 
 
 
261 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3090  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.64 
 
 
262 aa  175  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2773  hydratase/decarboxylase  39.13 
 
 
262 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000493793  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  41.52 
 
 
262 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08680  4-oxalocrotonate decarboxylase.XylI  40.08 
 
 
262 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.77 
 
 
262 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.11 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3342  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.98 
 
 
262 aa  165  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.33 
 
 
262 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2958  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.16 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1618  4-oxalocrotonate decarboxylase  40 
 
 
259 aa  156  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.13 
 
 
264 aa  155  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4619  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.19 
 
 
263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3543  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.19 
 
 
263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0271382  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.79 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00468493  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5692  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.89 
 
 
263 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.33 
 
 
268 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1318  hydratase/decarboxylase  41.7 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288999  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.36 
 
 
264 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.86 
 
 
260 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.56 
 
 
264 aa  149  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2784  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.84 
 
 
262 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965988  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.24 
 
 
259 aa  146  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  36 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  39.18 
 
 
267 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.79 
 
 
260 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  34.32 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  36.89 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.13 
 
 
280 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.77 
 
 
259 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.54 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.63 
 
 
260 aa  133  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  36 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.56 
 
 
261 aa  132  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4208  4-oxalocrotonate decarboxylase  40 
 
 
261 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.44 
 
 
267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.22 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.71 
 
 
267 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  38.22 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.24 
 
 
257 aa  129  7.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.56 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  34.67 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  34.67 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.11 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.79 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.6 
 
 
268 aa  125  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.86 
 
 
279 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.91 
 
 
276 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.73 
 
 
268 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.96 
 
 
259 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30610  2-Hydroxypent-2,4-dienoate hydratase; LapE  33.93 
 
 
265 aa  123  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000960153  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.65 
 
 
264 aa  122  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0439  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.56 
 
 
263 aa  122  5e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0595  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.74 
 
 
262 aa  122  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3798  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.33 
 
 
261 aa  121  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.138107  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.26 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0224  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.94 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0261621  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  35.24 
 
 
264 aa  120  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.78 
 
 
269 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2961  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.44 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.665549  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3325  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.4 
 
 
266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1510  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.44 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0222  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.89 
 
 
262 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.11 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.89 
 
 
274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  36.33 
 
 
273 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2779  hydratase/decarboxylase  38.81 
 
 
273 aa  115  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3658  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  32.67 
 
 
267 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4369  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  32.14 
 
 
267 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455554  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10590  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  32.41 
 
 
267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  36.32 
 
 
261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2405  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.14 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1061  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.63 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.88697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  36 
 
 
263 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1158  2-keto-4-pentenoate hydratase  28.63 
 
 
267 aa  113  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2118  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.46 
 
 
271 aa  113  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.609149  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20020  2-oxohept-3-enedioate hydratase  30.52 
 
 
261 aa  113  3e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4745  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.2 
 
 
270 aa  113  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  33.76 
 
 
266 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  31.6 
 
 
282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.238552  normal  0.686193 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.1 
 
 
265 aa  112  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0965  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  32.02 
 
 
267 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0240  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.74 
 
 
267 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4132  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  31.87 
 
 
267 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.138195  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>