More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0313 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0313  multidrug efflux system protein  100 
 
 		 385 aa  759    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.193951 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3631  RND family efflux transporter MFP subunit  74.29 
 
 		 386 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4470  secretion protein HlyD  74.29 
 
 		 386 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3896  RND family efflux transporter MFP subunit  74.29 
 
 		 386 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.51885 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6825  HlyD family secretion protein  75.46 
 
 		 385 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775097  normal  0.233447 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4356  RND family efflux transporter MFP subunit  72.11 
 
 		 386 aa  498  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2775  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.27 
 
 		 420 aa  487  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1015  RND family efflux transporter MFP subunit  59.53 
 
 		 384 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2527  RND family efflux transporter MFP subunit  68.47 
 
 		 396 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.16005  normal  0.699583 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3971  RND family efflux transporter MFP subunit  61.45 
 
 		 385 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.78 
 
 		 382 aa  386  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61893  normal  0.28668 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1953  RND family efflux transporter MFP subunit  55.49 
 
 		 367 aa  344  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2730  secretion protein HlyD  50.14 
 
 		 388 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299945  normal  0.0908172 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  42.97 
 
 		 406 aa  272  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2808  RND family efflux transporter MFP subunit  41.38 
 
 		 378 aa  266  5e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.635113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.47 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.01 
 
 		 441 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  42.01 
 
 		 441 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  41.03 
 
 		 428 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.72 
 
 		 446 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0530  RND family efflux transporter MFP subunit  42.49 
 
 		 394 aa  257  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.727313  normal  0.0367065 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0777  RND family efflux transporter MFP subunit  40.7 
 
 		 384 aa  255  7e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  41.21 
 
 		 430 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  40.68 
 
 		 447 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.97 
 
 		 424 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  40.4 
 
 		 405 aa  250  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  42.86 
 
 		 385 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.56 
 
 		 433 aa  248  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 422 aa  248  1e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.94 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  39 
 
 		 395 aa  247  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  40.17 
 
 		 386 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 		 390 aa  247  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  39.39 
 
 		 418 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  39.39 
 
 		 418 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  38.61 
 
 		 392 aa  246  6e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  42.73 
 
 		 384 aa  246  6e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  41.92 
 
 		 423 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.4 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.78 
 
 		 394 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  39.89 
 
 		 426 aa  243  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  41.67 
 
 		 434 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  40.31 
 
 		 386 aa  243  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  39.12 
 
 		 418 aa  243  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.37 
 
 		 410 aa  243  6e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  39.48 
 
 		 442 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  39.48 
 
 		 383 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  39.72 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  41.53 
 
 		 381 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  40.48 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  40.65 
 
 		 391 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  39.31 
 
 		 415 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  41.14 
 
 		 387 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.54 
 
 		 393 aa  239  6.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  41.64 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  41.61 
 
 		 430 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.11 
 
 		 411 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  40.84 
 
 		 386 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.53 
 
 		 436 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  41.9 
 
 		 380 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  40.22 
 
 		 385 aa  236  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 384 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.87 
 
 		 384 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  36.44 
 
 		 388 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  36.44 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.41 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  38.74 
 
 		 385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  43.82 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  36.44 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  38.57 
 
 		 384 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.34 
 
 		 469 aa  234  3e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  38.03 
 
 		 386 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.34 
 
 		 423 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.16 
 
 		 391 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  40.38 
 
 		 383 aa  233  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  38.74 
 
 		 385 aa  233  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.74 
 
 		 385 aa  232  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  38.74 
 
 		 385 aa  232  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  38.74 
 
 		 385 aa  232  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  38.74 
 
 		 385 aa  232  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  38.34 
 
 		 384 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  38.74 
 
 		 387 aa  232  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  40.88 
 
 		 391 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  39.78 
 
 		 400 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  39.89 
 
 		 399 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  38.46 
 
 		 385 aa  231  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 394 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  39.01 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.67 
 
 		 384 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  39.01 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  39.01 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  41.31 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  38.46 
 
 		 385 aa  230  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  38.46 
 
 		 385 aa  230  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  39.01 
 
 		 385 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  38.46 
 
 		 377 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  40.86 
 
 		 387 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  41.34 
 
 		 404 aa  230  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>