93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2081 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  100 
 
 		 176 aa  334  3.9999999999999995e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  78.16 
 
 		 174 aa  265  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  83.56 
 
 		 146 aa  246  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  50.29 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  51.79 
 
 		 182 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  45.4 
 
 		 186 aa  127  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  45.61 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  46.2 
 
 		 173 aa  123  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  46.93 
 
 		 181 aa  115  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  46.94 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  44.64 
 
 		 168 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  43.29 
 
 		 170 aa  108  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  43.43 
 
 		 168 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  45.75 
 
 		 160 aa  107  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  43.43 
 
 		 168 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  45.58 
 
 		 166 aa  107  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  42.95 
 
 		 189 aa  105  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  42.86 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  45.03 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  45.03 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  43.42 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  45.03 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  44.59 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  44.37 
 
 		 169 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  44.37 
 
 		 169 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  44.81 
 
 		 169 aa  101  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  44.37 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  44.23 
 
 		 182 aa  99.4  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  40.65 
 
 		 160 aa  97.8  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  42.76 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  40.76 
 
 		 138 aa  95.9  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  41.89 
 
 		 154 aa  95.5  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  43.54 
 
 		 146 aa  92  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  42.86 
 
 		 146 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  41.85 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  36.08 
 
 		 137 aa  82.4  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  36.99 
 
 		 178 aa  80.9  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  43.68 
 
 		 165 aa  80.5  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  33.53 
 
 		 178 aa  76.3  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  41.36 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  36.42 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  36.25 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  37.04 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  28.75 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  29.52 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  30.72 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  30.72 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  32.43 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  30.12 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  35.51 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  37.38 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  28.4 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  28.85 
 
 		 163 aa  53.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  31.58 
 
 		 147 aa  52.8  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  33.94 
 
 		 217 aa  51.2  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  34.58 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  34.58 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  30.86 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  33.64 
 
 		 169 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  30 
 
 		 224 aa  48.5  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  34.69 
 
 		 166 aa  48.9  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  29.11 
 
 		 154 aa  48.5  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  29.41 
 
 		 155 aa  47.8  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  33.64 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  30 
 
 		 220 aa  47  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  35.78 
 
 		 166 aa  47.4  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  26.67 
 
 		 159 aa  46.2  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  34.04 
 
 		 169 aa  46.6  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  34.58 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 174 aa  45.4  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  30.58 
 
 		 166 aa  45.4  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 174 aa  44.7  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  29.94 
 
 		 140 aa  44.3  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  27.38 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0591  hypothetical protein  29.79 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  31.4 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  33.33 
 
 		 141 aa  44.3  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  26.95 
 
 		 279 aa  43.1  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  42.7  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  30.85 
 
 		 169 aa  42  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  30.36 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  28.04 
 
 		 168 aa  42  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  40 
 
 		 156 aa  41.6  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  36.84 
 
 		 184 aa  41.6  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  47.37 
 
 		 158 aa  41.2  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3583  MJ0042 family finger-like protein  25.49 
 
 		 295 aa  40.8  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.040814  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0572  hypothetical protein  28.72 
 
 		 125 aa  40.8  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1061  RDD domain containing protein  31.82 
 
 		 211 aa  40.8  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>