71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0907 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  100 
 
 
181 aa  356  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  69.32 
 
 
182 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  53.25 
 
 
176 aa  155  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  46.24 
 
 
174 aa  147  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  44.2 
 
 
186 aa  136  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  49.31 
 
 
146 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  43.95 
 
 
170 aa  123  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  40.8 
 
 
173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  45.57 
 
 
189 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  39.66 
 
 
174 aa  115  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  44.74 
 
 
169 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  44.74 
 
 
169 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  44.74 
 
 
169 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  42.76 
 
 
186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  44.08 
 
 
169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  44.08 
 
 
169 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  44.08 
 
 
169 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  42.86 
 
 
181 aa  112  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  43.87 
 
 
168 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  43.23 
 
 
168 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  43.23 
 
 
168 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  43.23 
 
 
168 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  41.78 
 
 
154 aa  106  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  43.79 
 
 
169 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  40.37 
 
 
160 aa  103  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  43.24 
 
 
174 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  40.38 
 
 
160 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  43.24 
 
 
166 aa  102  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  43.84 
 
 
146 aa  98.6  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  40 
 
 
177 aa  97.4  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  45.58 
 
 
146 aa  97.4  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  39.47 
 
 
179 aa  97.1  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  40.68 
 
 
182 aa  95.5  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  38.24 
 
 
178 aa  89.4  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  37.65 
 
 
184 aa  82  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  37.95 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  36.94 
 
 
138 aa  81.6  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  33.97 
 
 
137 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  37.79 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  36.09 
 
 
145 aa  71.6  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  37.38 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  29.31 
 
 
157 aa  63.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  32.16 
 
 
178 aa  63.2  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  32.65 
 
 
157 aa  58.5  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  29.3 
 
 
163 aa  56.6  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  22.42 
 
 
220 aa  53.1  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  22.4 
 
 
224 aa  53.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  22.93 
 
 
217 aa  52.4  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  33.96 
 
 
162 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  28.49 
 
 
154 aa  51.6  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  31.07 
 
 
147 aa  50.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  29.69 
 
 
162 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  29.69 
 
 
162 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  26.29 
 
 
159 aa  50.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  28.77 
 
 
155 aa  50.1  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  33.64 
 
 
147 aa  49.7  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  29.69 
 
 
162 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  30.56 
 
 
165 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  40.43 
 
 
184 aa  48.9  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  28.1 
 
 
162 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  23.56 
 
 
168 aa  45.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  31.82 
 
 
165 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  26.34 
 
 
279 aa  45.8  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  27.11 
 
 
184 aa  45.1  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  28.69 
 
 
159 aa  44.7  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  27.78 
 
 
165 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  29.87 
 
 
140 aa  44.3  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  29.36 
 
 
160 aa  42  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  31.58 
 
 
181 aa  42  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  27.08 
 
 
169 aa  41.6  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  27.08 
 
 
169 aa  41.2  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>