143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4396 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  100 
 
 
162 aa  329  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  82.72 
 
 
162 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  82.72 
 
 
162 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  82.1 
 
 
162 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  82.1 
 
 
162 aa  278  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  67.28 
 
 
165 aa  223  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  64.6 
 
 
165 aa  217  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  72.26 
 
 
141 aa  197  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  60.25 
 
 
165 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  50.91 
 
 
178 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  44.9 
 
 
154 aa  100  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  37.04 
 
 
159 aa  96.3  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  37.04 
 
 
159 aa  94  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  33.53 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  33.53 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  33.53 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  33.53 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  36.3 
 
 
138 aa  91.7  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  32.34 
 
 
169 aa  91.7  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.34 
 
 
169 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  32.34 
 
 
169 aa  91.3  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  38.3 
 
 
157 aa  90.5  8e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  31.14 
 
 
169 aa  88.2  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  31.14 
 
 
169 aa  87.4  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  36.94 
 
 
160 aa  86.3  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  36 
 
 
145 aa  85.1  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  30.91 
 
 
174 aa  84.7  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  31.52 
 
 
174 aa  84  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  31.1 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  34.44 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  43.62 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  29.7 
 
 
174 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  36.55 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  34.18 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  31.37 
 
 
184 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  34.51 
 
 
163 aa  76.6  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  30.91 
 
 
170 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  40.43 
 
 
166 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  35.39 
 
 
178 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  31.21 
 
 
137 aa  71.6  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  28.48 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  41.49 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  28.74 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  28.66 
 
 
166 aa  68.2  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  32.54 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  34.67 
 
 
184 aa  64.3  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  38.82 
 
 
279 aa  60.8  0.000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  28.57 
 
 
217 aa  60.5  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  38.82 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3024  branched-chain amino acid aminotransferase I  43.04 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  27.59 
 
 
173 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  25 
 
 
224 aa  56.2  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  30.67 
 
 
160 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  30.06 
 
 
174 aa  54.3  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  41.03 
 
 
174 aa  54.3  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  34.91 
 
 
176 aa  53.9  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  24.1 
 
 
220 aa  53.9  0.0000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  30.3 
 
 
270 aa  53.9  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  25.86 
 
 
170 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  29.41 
 
 
181 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  28.85 
 
 
257 aa  53.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  33.66 
 
 
169 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0542  RDD family protein  28.29 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  30 
 
 
140 aa  53.1  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  33.66 
 
 
169 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  33.96 
 
 
181 aa  52.4  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  33.66 
 
 
169 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  33.66 
 
 
169 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  33.66 
 
 
169 aa  52.4  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  33.66 
 
 
169 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  29.82 
 
 
174 aa  52  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  26.52 
 
 
186 aa  51.6  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  34.21 
 
 
174 aa  50.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  25.71 
 
 
310 aa  50.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  29.7 
 
 
169 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  34.9 
 
 
169 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  28.32 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0643  RDD family protein  26.8 
 
 
195 aa  49.3  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  27.83 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  27.83 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  25.57 
 
 
186 aa  49.7  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0712  RDD domain-containing protein  30.59 
 
 
634 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  27.83 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  33.67 
 
 
146 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3457  RDD domain containing protein  27.78 
 
 
205 aa  48.9  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.052067 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0396  RDD  28.57 
 
 
196 aa  48.1  0.00005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.476249  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10177  MCE associated membrane protein  35.21 
 
 
322 aa  48.1  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  24.07 
 
 
168 aa  47.8  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  34.21 
 
 
166 aa  47.8  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  36.99 
 
 
214 aa  48.1  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  25.43 
 
 
179 aa  47.4  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  24.71 
 
 
181 aa  47.4  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0355  hypothetical protein  35.23 
 
 
198 aa  46.6  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  31.76 
 
 
156 aa  47  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1148  RDD domain containing protein  26.12 
 
 
185 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00101829  hitchhiker  0.000000000000525817 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0891  RDD domain-containing protein  35.53 
 
 
152 aa  47  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  28.44 
 
 
182 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  26.54 
 
 
189 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0098  RDD domain containing protein  32.93 
 
 
204 aa  46.2  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  40 
 
 
424 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>