90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1909 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  100 
 
 		 146 aa  281  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  93.84 
 
 		 174 aa  270  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  83.56 
 
 		 176 aa  245  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  49.31 
 
 		 181 aa  135  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  50 
 
 		 182 aa  121  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  48.61 
 
 		 174 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  45.89 
 
 		 186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  47.55 
 
 		 174 aa  110  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  47.22 
 
 		 173 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  46.85 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  43.75 
 
 		 186 aa  101  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  43.84 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  43.75 
 
 		 154 aa  101  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  42.28 
 
 		 182 aa  97.1  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  40.69 
 
 		 181 aa  96.3  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  42.36 
 
 		 179 aa  96.3  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  44.14 
 
 		 169 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  42.86 
 
 		 170 aa  95.9  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  44.14 
 
 		 169 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  44.14 
 
 		 169 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  43.45 
 
 		 169 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  43.45 
 
 		 169 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  43.45 
 
 		 169 aa  93.6  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  43.24 
 
 		 177 aa  93.2  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  41.78 
 
 		 138 aa  93.2  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  40 
 
 		 189 aa  92.4  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  40.54 
 
 		 160 aa  92.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  42.18 
 
 		 168 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  43.54 
 
 		 146 aa  91.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  42.18 
 
 		 168 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  42.18 
 
 		 168 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  41.5 
 
 		 168 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  40.82 
 
 		 169 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  40.82 
 
 		 146 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  43.54 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  43.04 
 
 		 165 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  35.9 
 
 		 178 aa  74.7  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  35.86 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  38.31 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  37.5 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  36.73 
 
 		 157 aa  65.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  48.39 
 
 		 178 aa  60.8  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  36.63 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  44.44 
 
 		 166 aa  50.4  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  39 
 
 		 165 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  24.84 
 
 		 157 aa  50.1  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  36.52 
 
 		 181 aa  49.7  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  33.67 
 
 		 162 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  44.12 
 
 		 162 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  44.12 
 
 		 162 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  44.12 
 
 		 162 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  31.45 
 
 		 166 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  46.67 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 169 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  32.41 
 
 		 166 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 169 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  46.67 
 
 		 162 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  44.44 
 
 		 165 aa  47  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  33.98 
 
 		 220 aa  46.2  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.22 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  32.22 
 
 		 169 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  33.96 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  44.74 
 
 		 184 aa  46.2  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  33.33 
 
 		 141 aa  45.4  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  31.45 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  32.22 
 
 		 169 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  30.61 
 
 		 159 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  43.18 
 
 		 217 aa  44.7  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3583  MJ0042 family finger-like protein  27.4 
 
 		 295 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.040814  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  44.3  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  41.67 
 
 		 174 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  39.58 
 
 		 169 aa  43.9  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  41.67 
 
 		 174 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  28.76 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  28.97 
 
 		 147 aa  43.5  0.0009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2608  RDD domain-containing protein  32.71 
 
 		 456 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.107491 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  31.63 
 
 		 159 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  42.11 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  27.63 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  27.55 
 
 		 270 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  31.58 
 
 		 224 aa  42.4  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  36.21 
 
 		 170 aa  41.6  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  34.29 
 
 		 184 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  27.84 
 
 		 160 aa  41.2  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  37.5 
 
 		 169 aa  40.8  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>