108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1995 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  100 
 
 
145 aa  288  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  46.46 
 
 
138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  37.09 
 
 
165 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  38.69 
 
 
157 aa  99.8  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  38 
 
 
165 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  36 
 
 
162 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  43.8 
 
 
184 aa  94.7  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  40 
 
 
154 aa  94  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  38.32 
 
 
165 aa  92  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  37.3 
 
 
137 aa  91.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  34.87 
 
 
162 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  34.21 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  34.21 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  34.21 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  38.85 
 
 
163 aa  89.4  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  37.35 
 
 
186 aa  88.6  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  39.22 
 
 
186 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  36.09 
 
 
181 aa  84.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  38.82 
 
 
154 aa  83.6  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  39.22 
 
 
179 aa  82.8  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  36.24 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  35.57 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  43.21 
 
 
176 aa  80.5  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  39.74 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  39.61 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  41.33 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  37.24 
 
 
174 aa  77  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  38.56 
 
 
160 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  37.58 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  37.58 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  35.12 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  37.25 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  29.3 
 
 
165 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  38.85 
 
 
156 aa  74.7  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  37.5 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  39.47 
 
 
146 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  34.71 
 
 
168 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  36.91 
 
 
181 aa  73.9  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  37.67 
 
 
169 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  36.65 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  34.71 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  34.71 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  36.99 
 
 
169 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  36.99 
 
 
169 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  36.99 
 
 
169 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  34.13 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  36.18 
 
 
168 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  32.7 
 
 
159 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  35.12 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  34.46 
 
 
146 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  34.81 
 
 
140 aa  68.6  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  35.71 
 
 
178 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  33.99 
 
 
177 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  27.34 
 
 
157 aa  67.4  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  34.13 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  33.78 
 
 
146 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  30.19 
 
 
160 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  28.3 
 
 
159 aa  63.5  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  35.9 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  33.54 
 
 
178 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  37.8 
 
 
166 aa  61.2  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  25.44 
 
 
220 aa  60.8  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  31.25 
 
 
166 aa  58.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  37.93 
 
 
184 aa  58.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  36.59 
 
 
166 aa  57.4  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  27.03 
 
 
169 aa  57.4  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  32.28 
 
 
178 aa  57.4  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  33.95 
 
 
182 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
166 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  29.87 
 
 
214 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  39.47 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  25.32 
 
 
169 aa  55.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  24.69 
 
 
174 aa  55.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  25.61 
 
 
224 aa  55.1  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1619  RDD  31.45 
 
 
137 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  25.68 
 
 
169 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  25.68 
 
 
169 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  25.68 
 
 
169 aa  53.9  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  25.87 
 
 
170 aa  52.8  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  24.32 
 
 
169 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  24.32 
 
 
169 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  24.32 
 
 
169 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  24.32 
 
 
169 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  22.49 
 
 
217 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  22.97 
 
 
174 aa  51.6  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  32.91 
 
 
279 aa  52  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  23.65 
 
 
169 aa  50.8  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  32.91 
 
 
184 aa  50.8  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0948  RDD domain-containing protein  27.22 
 
 
276 aa  50.8  0.000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000870285  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  26.87 
 
 
270 aa  50.4  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  23.93 
 
 
169 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  24.34 
 
 
174 aa  49.7  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1918  RDD protein  27.41 
 
 
154 aa  48.9  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.002418  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  23.65 
 
 
169 aa  48.9  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3591  hypothetical protein  36.07 
 
 
133 aa  47  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.157612  normal  0.0949488 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  36.71 
 
 
174 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  23.27 
 
 
158 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0141  RDD domain-containing protein  30.77 
 
 
327 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0712  RDD domain-containing protein  35.63 
 
 
634 aa  45.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  23.65 
 
 
168 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>