109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3079 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3079  RDD  100 
 
 
137 aa  272  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  48.51 
 
 
138 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  48.57 
 
 
184 aa  127  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  41.14 
 
 
174 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  39.62 
 
 
173 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  37.18 
 
 
177 aa  91.7  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  36.65 
 
 
170 aa  89.4  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  36.84 
 
 
169 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  36.84 
 
 
169 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  36.84 
 
 
169 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  36.18 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  32.24 
 
 
168 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  35.9 
 
 
174 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  32.89 
 
 
168 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  32.89 
 
 
168 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  35.76 
 
 
169 aa  84  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  32.89 
 
 
168 aa  83.6  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  40.16 
 
 
157 aa  83.6  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  32.67 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  35.76 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  36.08 
 
 
176 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  33.33 
 
 
160 aa  82  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  36.36 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  37.3 
 
 
145 aa  80.1  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  33.97 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  28.21 
 
 
186 aa  78.6  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  32.67 
 
 
181 aa  77.4  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  32.17 
 
 
146 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  35.86 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  33.12 
 
 
160 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
186 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  33.1 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  31.21 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
146 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  31.21 
 
 
162 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  31.21 
 
 
189 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  31.29 
 
 
179 aa  70.5  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  33.08 
 
 
163 aa  70.5  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  30.5 
 
 
165 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  31.91 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  31.16 
 
 
157 aa  68.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  33.1 
 
 
154 aa  67  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  30 
 
 
162 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  30 
 
 
162 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  30.46 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  30 
 
 
162 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  30 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  33.54 
 
 
178 aa  65.9  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  32.91 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  30.47 
 
 
147 aa  63.5  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  30.5 
 
 
165 aa  62  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  30.92 
 
 
166 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  30.19 
 
 
181 aa  61.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  40 
 
 
141 aa  60.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  27.91 
 
 
154 aa  58.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  31.88 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  27.52 
 
 
168 aa  57  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  31 
 
 
166 aa  55.5  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  34 
 
 
166 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  27.63 
 
 
178 aa  54.3  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  29.22 
 
 
165 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0542  RDD family protein  36.14 
 
 
216 aa  53.1  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  27.03 
 
 
159 aa  53.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  33 
 
 
166 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  27.03 
 
 
159 aa  52  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  32.56 
 
 
184 aa  51.2  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  26.32 
 
 
158 aa  51.2  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  32.56 
 
 
279 aa  50.1  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  28.99 
 
 
155 aa  50.1  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  30.14 
 
 
184 aa  49.3  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  28.57 
 
 
160 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1619  RDD  27.91 
 
 
137 aa  48.5  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  32.18 
 
 
169 aa  48.9  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  24.79 
 
 
178 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0891  RDD domain-containing protein  28.57 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  29.41 
 
 
170 aa  45.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  33.71 
 
 
169 aa  46.2  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  30.59 
 
 
174 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  30.34 
 
 
174 aa  45.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  31.46 
 
 
169 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  26.13 
 
 
270 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.05 
 
 
169 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  32.05 
 
 
169 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  32.05 
 
 
169 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  30.34 
 
 
174 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3583  MJ0042 family finger-like protein  34.85 
 
 
295 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.040814  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  27.27 
 
 
264 aa  42.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  32.82 
 
 
156 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  35.53 
 
 
261 aa  42.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  29.33 
 
 
169 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3753  RDD domain containing protein  32.14 
 
 
285 aa  42.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  30.77 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  30.34 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  30.77 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1348  RDD domain containing protein  26.92 
 
 
161 aa  42.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0476544  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  30.77 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0712  RDD domain-containing protein  27.71 
 
 
634 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  31.71 
 
 
147 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  30.77 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0572  hypothetical protein  28.71 
 
 
125 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>