87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3559 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 168 aa  348  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  62.59 
 
 		 147 aa  186  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  45 
 
 		 169 aa  136  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  43.37 
 
 		 169 aa  134  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  43.37 
 
 		 169 aa  134  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  43.37 
 
 		 169 aa  134  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  43.37 
 
 		 169 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  42.42 
 
 		 174 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  42.17 
 
 		 169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  41.21 
 
 		 174 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  42.17 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  42.17 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  42.42 
 
 		 174 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  42.17 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  42.17 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  39.16 
 
 		 170 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  40.61 
 
 		 169 aa  120  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  37.95 
 
 		 169 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  39.51 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  37.82 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  37.18 
 
 		 159 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  29.38 
 
 		 184 aa  95.1  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  37.84 
 
 		 160 aa  94.7  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  32.21 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  32.1 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  32.93 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  33.56 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  31.71 
 
 		 165 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  28.82 
 
 		 173 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  32.52 
 
 		 165 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  29.33 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  26.74 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  27.65 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  30.19 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  30.26 
 
 		 138 aa  60.5  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  34.51 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  34.51 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  34.51 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  34.51 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  34.51 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  34.51 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  28.75 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  29.94 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  33.63 
 
 		 169 aa  57  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  26.99 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  26.38 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  26.38 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  26.38 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  31.86 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  30.97 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  30.97 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  40 
 
 		 146 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  30.09 
 
 		 168 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  30 
 
 		 217 aa  53.1  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  27.22 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  40 
 
 		 146 aa  52.4  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  27.12 
 
 		 182 aa  52  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  26.29 
 
 		 181 aa  52  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  32.08 
 
 		 156 aa  52  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  31.58 
 
 		 224 aa  50.4  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  37.8 
 
 		 270 aa  49.3  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  29.73 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  31.01 
 
 		 177 aa  49.3  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  33.01 
 
 		 155 aa  47.8  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  27.83 
 
 		 178 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  24.83 
 
 		 145 aa  47  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1619  RDD  27.21 
 
 		 137 aa  47  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  27.06 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  29.2 
 
 		 220 aa  47  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  25.97 
 
 		 178 aa  47  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  25.3 
 
 		 174 aa  46.6  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  25 
 
 		 166 aa  45.1  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  28.28 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  25.86 
 
 		 186 aa  44.7  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  45.45 
 
 		 174 aa  44.7  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  27.84 
 
 		 146 aa  44.7  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1722  RDD domain-containing protein  32.26 
 
 		 403 aa  43.9  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000166004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  25.75 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  28.45 
 
 		 165 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  29.91 
 
 		 160 aa  43.5  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  30.58 
 
 		 279 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  28.7 
 
 		 166 aa  42.4  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  31.33 
 
 		 141 aa  41.6  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  31.65 
 
 		 310 aa  41.6  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  37.33 
 
 		 261 aa  40.8  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  40.91 
 
 		 160 aa  40.8  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>