28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1722 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1722  RDD domain-containing protein  100 
 
 
403 aa  818    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000166004 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2856  RDD domain-containing protein  54.64 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000762039 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2381  RDD domain-containing protein  53.55 
 
 
414 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2662  RDD domain-containing protein  46.05 
 
 
412 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1700  RDD domain containing protein  45.77 
 
 
415 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.6304  hitchhiker  0.00000345448 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2684  RDD domain-containing protein  45.77 
 
 
415 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0059123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2763  RDD domain-containing protein  46.03 
 
 
412 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.136751  hitchhiker  0.000413792 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  46.25 
 
 
424 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1562  RDD domain-containing protein  42.12 
 
 
449 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0211691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1568  RDD domain-containing protein  42.33 
 
 
448 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.957894  normal  0.02442 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2369  RDD domain-containing protein  44.27 
 
 
398 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1501  RDD domain-containing protein  42.04 
 
 
444 aa  300  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.561992  hitchhiker  0.000145013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1509  hypothetical protein  44.59 
 
 
375 aa  296  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2902  hypothetical protein  39.54 
 
 
376 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2514  RDD domain-containing protein  35.87 
 
 
453 aa  216  7e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  36.36 
 
 
270 aa  53.9  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  28.07 
 
 
247 aa  51.2  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  33.33 
 
 
166 aa  50.8  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  38.55 
 
 
166 aa  50.4  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  39.76 
 
 
166 aa  49.3  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8545  membrane protein/domain-like protein  37.04 
 
 
175 aa  47.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  33.33 
 
 
165 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  35.05 
 
 
310 aa  45.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3769  RDD domain containing protein  38.37 
 
 
258 aa  45.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.469918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  34.48 
 
 
165 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1340  serine/threonine protein kinase  32.1 
 
 
536 aa  43.9  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.975368 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0399  RDD domain-containing protein  31.07 
 
 
278 aa  43.5  0.007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0177068 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  36.62 
 
 
141 aa  42.7  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>