134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0984 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  100 
 
 		 162 aa  328  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 162 aa  328  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  99.38 
 
 		 162 aa  327  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  94.44 
 
 		 162 aa  316  9e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  82.72 
 
 		 162 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  70.19 
 
 		 165 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  68.94 
 
 		 165 aa  226  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  72.99 
 
 		 141 aa  197  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  62.11 
 
 		 165 aa  192  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  50 
 
 		 178 aa  101  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  44.59 
 
 		 154 aa  100  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  37.2 
 
 		 159 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  36.59 
 
 		 159 aa  98.6  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 169 aa  87  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  33.97 
 
 		 160 aa  86.7  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  31.14 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  31.14 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  31.14 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  31.14 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.74 
 
 		 169 aa  85.5  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  32.74 
 
 		 169 aa  85.1  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  32.12 
 
 		 169 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  32.75 
 
 		 169 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  32.64 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  30.49 
 
 		 174 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  31.1 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  30.36 
 
 		 169 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  35.46 
 
 		 157 aa  80.5  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  35.92 
 
 		 163 aa  80.1  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  43.62 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  33.99 
 
 		 158 aa  78.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  34.21 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  34.42 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  30.12 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  39.77 
 
 		 166 aa  73.6  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  42.05 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  30.38 
 
 		 169 aa  72  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  30.12 
 
 		 169 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  36.11 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  29.94 
 
 		 170 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  30 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  30.41 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  32.89 
 
 		 184 aa  63.9  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  37.5 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  27.63 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  29.38 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  36.26 
 
 		 279 aa  61.2  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  31.97 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  34.71 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  30.72 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  30.65 
 
 		 173 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  29.75 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  32.32 
 
 		 270 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  33.01 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  29.93 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  33.77 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  24.4 
 
 		 217 aa  54.3  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  31.02 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  28.68 
 
 		 174 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  32.04 
 
 		 169 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  34.26 
 
 		 160 aa  53.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  32.04 
 
 		 169 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3024  branched-chain amino acid aminotransferase I  39.24 
 
 		 167 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  32.04 
 
 		 169 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  29.13 
 
 		 169 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  28.48 
 
 		 257 aa  51.6  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  32.04 
 
 		 169 aa  51.2  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  32.04 
 
 		 169 aa  51.2  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  32.04 
 
 		 169 aa  51.2  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  24.24 
 
 		 224 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  29.13 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  29.13 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0891  RDD domain-containing protein  35.9 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  30.1 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  35.14 
 
 		 156 aa  49.7  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  44.12 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  29.69 
 
 		 181 aa  49.7  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3078  hypothetical protein  39.13 
 
 		 406 aa  48.9  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  29.13 
 
 		 168 aa  48.9  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  29.08 
 
 		 186 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  30.23 
 
 		 182 aa  48.5  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  23.98 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  30.95 
 
 		 174 aa  47.4  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  26.23 
 
 		 168 aa  47.4  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10177  MCE associated membrane protein  36.84 
 
 		 322 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0098  RDD domain containing protein  33.77 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0643  RDD family protein  35.71 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0628  hypothetical protein  32.88 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0572979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1501  RDD domain-containing protein  35.37 
 
 		 444 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.561992  hitchhiker  0.000145013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1568  RDD domain-containing protein  35.37 
 
 		 448 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.957894  normal  0.02442 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1562  RDD domain-containing protein  35.37 
 
 		 449 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0211691 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2369  RDD domain-containing protein  35.29 
 
 		 398 aa  45.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  37.5 
 
 		 424 aa  45.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1700  RDD domain containing protein  34.15 
 
 		 415 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.6304  hitchhiker  0.00000345448 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2684  RDD domain-containing protein  34.15 
 
 		 415 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0059123  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  32.81 
 
 		 146 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2662  RDD domain-containing protein  34.15 
 
 		 412 aa  45.1  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2763  RDD domain-containing protein  34.15 
 
 		 412 aa  45.1  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.136751  hitchhiker  0.000413792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  33.87 
 
 		 146 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1706  RDD  25.17 
 
 		 170 aa  44.7  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.305495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>