85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_2292 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  100 
 
 
168 aa  325  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  98.21 
 
 
168 aa  320  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  98.21 
 
 
168 aa  320  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  96.43 
 
 
168 aa  288  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  92.81 
 
 
169 aa  254  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  73.81 
 
 
170 aa  247  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  92.47 
 
 
146 aa  240  9e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  90.41 
 
 
146 aa  239  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  75.16 
 
 
169 aa  226  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  74.51 
 
 
169 aa  222  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  74.51 
 
 
169 aa  222  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  74.51 
 
 
169 aa  222  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  74.51 
 
 
169 aa  222  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  73.86 
 
 
169 aa  220  9e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  65.48 
 
 
174 aa  194  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  66.06 
 
 
173 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  68.99 
 
 
177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  51.68 
 
 
186 aa  143  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  47.65 
 
 
186 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  45.09 
 
 
181 aa  137  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  51.03 
 
 
154 aa  136  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  47.02 
 
 
179 aa  135  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  48.03 
 
 
189 aa  135  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  49.32 
 
 
174 aa  134  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  49.67 
 
 
160 aa  134  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  47.26 
 
 
166 aa  131  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  46.15 
 
 
160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  47.68 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  45.73 
 
 
174 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  43.23 
 
 
181 aa  115  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  46.11 
 
 
182 aa  114  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  45.12 
 
 
176 aa  110  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  42.18 
 
 
146 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  35.22 
 
 
138 aa  91.3  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  33.55 
 
 
137 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  33.52 
 
 
178 aa  82.4  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  33.7 
 
 
178 aa  80.1  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  37.06 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  32.75 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.16 
 
 
169 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  30.99 
 
 
169 aa  67.4  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  30.99 
 
 
169 aa  67.4  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  31.58 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  34.67 
 
 
145 aa  65.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  32.35 
 
 
174 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  30.99 
 
 
169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  32.35 
 
 
169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  31.55 
 
 
169 aa  61.6  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  40.66 
 
 
147 aa  61.2  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  30.41 
 
 
169 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  30.41 
 
 
169 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  30.41 
 
 
169 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  30.41 
 
 
169 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  30.23 
 
 
174 aa  61.2  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  27.93 
 
 
178 aa  58.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  33.53 
 
 
170 aa  57.8  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  24.43 
 
 
165 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  40 
 
 
184 aa  57.4  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  23.86 
 
 
165 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  37.5 
 
 
181 aa  55.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  31.4 
 
 
174 aa  55.1  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  33.08 
 
 
165 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  31.19 
 
 
168 aa  54.3  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  42.31 
 
 
147 aa  52.4  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  30.08 
 
 
178 aa  51.2  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  29.13 
 
 
162 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  29.13 
 
 
162 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  28.04 
 
 
160 aa  50.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  29.13 
 
 
162 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  28.93 
 
 
163 aa  50.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  29.91 
 
 
217 aa  49.7  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  29.63 
 
 
159 aa  49.7  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  27.83 
 
 
162 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  28.16 
 
 
162 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  28.7 
 
 
159 aa  48.1  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  22.58 
 
 
166 aa  48.1  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  34.07 
 
 
157 aa  47.8  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  28.48 
 
 
154 aa  47.8  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  27.12 
 
 
165 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  28.81 
 
 
224 aa  46.6  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  39.02 
 
 
156 aa  44.7  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  44.44 
 
 
141 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  30.72 
 
 
214 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  28.42 
 
 
220 aa  42  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  27.22 
 
 
184 aa  41.2  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>