83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2185 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  100 
 
 
146 aa  283  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  98.63 
 
 
169 aa  281  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  93.15 
 
 
168 aa  241  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  93.15 
 
 
168 aa  240  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  93.15 
 
 
168 aa  240  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  92.47 
 
 
168 aa  239  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  91.1 
 
 
146 aa  239  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  75.69 
 
 
170 aa  221  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  75 
 
 
169 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  74.31 
 
 
169 aa  210  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  73.61 
 
 
169 aa  207  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  73.61 
 
 
169 aa  207  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  73.61 
 
 
169 aa  207  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  73.61 
 
 
169 aa  207  5e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  66.44 
 
 
174 aa  172  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  66.44 
 
 
173 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  68.03 
 
 
177 aa  168  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  51.06 
 
 
154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  51.06 
 
 
186 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  50 
 
 
174 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  48.28 
 
 
179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  48.59 
 
 
166 aa  128  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  50.35 
 
 
160 aa  125  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  47.3 
 
 
186 aa  122  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  46.81 
 
 
189 aa  120  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  47.52 
 
 
181 aa  119  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  46.21 
 
 
160 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  45.83 
 
 
182 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  43.84 
 
 
181 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  44.9 
 
 
182 aa  95.9  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  42.86 
 
 
176 aa  92.8  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  42.18 
 
 
174 aa  92  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  40.82 
 
 
146 aa  90.5  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  36.99 
 
 
138 aa  87  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  32.17 
 
 
137 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  33.55 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  38.78 
 
 
184 aa  68.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  33.55 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  35.24 
 
 
169 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  35.64 
 
 
169 aa  62.8  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  35.64 
 
 
169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  39.13 
 
 
174 aa  62  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  30.87 
 
 
169 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  31.54 
 
 
169 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  35.62 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  35.11 
 
 
174 aa  61.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  30.87 
 
 
169 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  32.12 
 
 
169 aa  61.2  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  38.04 
 
 
169 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  34.65 
 
 
169 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  34.65 
 
 
169 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  34.65 
 
 
169 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  34.65 
 
 
169 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  40.35 
 
 
184 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  36 
 
 
170 aa  57  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  33 
 
 
174 aa  56.6  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  31.94 
 
 
147 aa  56.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  27.05 
 
 
165 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  27.05 
 
 
165 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  42.59 
 
 
168 aa  52.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  30.97 
 
 
163 aa  52  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  33.78 
 
 
178 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  42 
 
 
147 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  34.62 
 
 
181 aa  50.1  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  45.83 
 
 
160 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  35.63 
 
 
166 aa  49.3  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  40.79 
 
 
178 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  37.8 
 
 
165 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  30.7 
 
 
159 aa  47  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  30.1 
 
 
154 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  28.95 
 
 
159 aa  45.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  37.74 
 
 
162 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  37.74 
 
 
162 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  32.81 
 
 
162 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  43.18 
 
 
162 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  50 
 
 
157 aa  44.3  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  33.87 
 
 
162 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  32.04 
 
 
155 aa  42.4  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  28.43 
 
 
157 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  44.44 
 
 
141 aa  41.2  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  30 
 
 
165 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  30.48 
 
 
166 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  37.78 
 
 
158 aa  40  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>