83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2823 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 169 aa  345  2e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  99.41 
 
 		 169 aa  344  4e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  98.82 
 
 		 169 aa  342  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  96.45 
 
 		 169 aa  338  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  93.49 
 
 		 169 aa  332  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  90.53 
 
 		 169 aa  320  8e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  90.53 
 
 		 169 aa  320  8e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  90.53 
 
 		 169 aa  320  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  90.53 
 
 		 169 aa  320  8e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  85.12 
 
 		 169 aa  300  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  82.14 
 
 		 174 aa  293  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  82.14 
 
 		 174 aa  291  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  78.7 
 
 		 169 aa  286  7e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  80.95 
 
 		 174 aa  286  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  78.7 
 
 		 169 aa  263  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  68.45 
 
 		 170 aa  248  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  48.21 
 
 		 166 aa  144  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  43.37 
 
 		 168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  39.24 
 
 		 160 aa  117  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  35.71 
 
 		 184 aa  117  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  37.5 
 
 		 159 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  40.54 
 
 		 158 aa  110  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  36.18 
 
 		 159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  32.34 
 
 		 162 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  37.41 
 
 		 147 aa  87.4  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  33.53 
 
 		 165 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  32.74 
 
 		 162 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  32.74 
 
 		 162 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  32.74 
 
 		 162 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  33.14 
 
 		 165 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  31.55 
 
 		 162 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  31.25 
 
 		 157 aa  78.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  34.55 
 
 		 165 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  33.73 
 
 		 154 aa  73.9  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  33.1 
 
 		 157 aa  73.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  31.76 
 
 		 138 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  37.07 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  32.48 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  30.87 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  30.34 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  33.64 
 
 		 169 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  35.61 
 
 		 169 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  33.33 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  34.09 
 
 		 170 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 168 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 168 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  35.61 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  35.61 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  35.61 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  35.61 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  35.61 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  28.78 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  34.86 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  34.51 
 
 		 173 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  34.74 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  28.57 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  32.77 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  27.65 
 
 		 184 aa  53.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  29.75 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  32.35 
 
 		 146 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  29.82 
 
 		 177 aa  52.4  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  32.71 
 
 		 174 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  33.33 
 
 		 224 aa  51.6  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  29.61 
 
 		 140 aa  50.4  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  31.97 
 
 		 186 aa  50.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1619  RDD  27.4 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  28.65 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  33.64 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  29.25 
 
 		 145 aa  48.5  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  31.53 
 
 		 220 aa  48.1  0.00006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  32.22 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  28.06 
 
 		 178 aa  45.1  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  32.05 
 
 		 137 aa  44.7  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  29.81 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  29.46 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  31.18 
 
 		 279 aa  43.1  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  29.59 
 
 		 181 aa  42.4  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  30.26 
 
 		 310 aa  41.6  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  27.66 
 
 		 182 aa  41.2  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0572  hypothetical protein  31.25 
 
 		 125 aa  40.8  0.008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1788  RDD domain containing protein  26.35 
 
 		 187 aa  40.8  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0098202  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0591  hypothetical protein  31.25 
 
 		 125 aa  40.8  0.01  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>