88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2307 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 169 aa  326  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  98.63 
 
 		 146 aa  281  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  91.72 
 
 		 168 aa  274  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  91.12 
 
 		 168 aa  271  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  91.12 
 
 		 168 aa  271  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  90.53 
 
 		 168 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  91.1 
 
 		 146 aa  243  8e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  71.6 
 
 		 170 aa  240  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  74.51 
 
 		 169 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  73.86 
 
 		 169 aa  221  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  73.2 
 
 		 169 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  73.2 
 
 		 169 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  73.2 
 
 		 169 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  73.2 
 
 		 169 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  65.62 
 
 		 173 aa  192  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  67.1 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  67.09 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  50.34 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  46.2 
 
 		 186 aa  134  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  47.68 
 
 		 179 aa  133  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  49.66 
 
 		 154 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  49.02 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  47.95 
 
 		 166 aa  132  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  44.57 
 
 		 181 aa  129  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  46.05 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  47.95 
 
 		 174 aa  129  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  45.57 
 
 		 160 aa  124  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  47.02 
 
 		 182 aa  114  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  43.59 
 
 		 181 aa  114  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  45.18 
 
 		 182 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  42.29 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  45 
 
 		 176 aa  107  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  36.71 
 
 		 138 aa  96.7  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  40.82 
 
 		 146 aa  90.9  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  32.89 
 
 		 137 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  31.98 
 
 		 178 aa  81.6  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  36.69 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  34.34 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  32.47 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  32.47 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.47 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  32.37 
 
 		 174 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  31.82 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  32.47 
 
 		 169 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  36.67 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  33.93 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  31.43 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  32.48 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  31.76 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  30.52 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  30.52 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  30.52 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  30.52 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  34.64 
 
 		 170 aa  62  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  25.82 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  35.29 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  25.99 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  40.35 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  30.07 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  34.58 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  36.14 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  27.22 
 
 		 154 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  33.03 
 
 		 160 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  29.56 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  32.5 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01573  RDD domain containing protein  42 
 
 		 147 aa  52.8  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.566459  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  28.57 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  28.57 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  28.57 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  31.9 
 
 		 162 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  26.32 
 
 		 159 aa  51.6  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  29.7 
 
 		 162 aa  50.8  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  25.15 
 
 		 159 aa  50.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  30.51 
 
 		 217 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  40.79 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  27.21 
 
 		 166 aa  49.7  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  33.7 
 
 		 157 aa  48.1  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  27.42 
 
 		 224 aa  48.1  0.00006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  30.11 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  39.02 
 
 		 156 aa  46.6  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  26.74 
 
 		 184 aa  45.8  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  25.62 
 
 		 220 aa  43.5  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  26.04 
 
 		 279 aa  43.1  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  48.57 
 
 		 141 aa  42.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  22.7 
 
 		 157 aa  42.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  30.48 
 
 		 166 aa  42  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  37.78 
 
 		 158 aa  40.8  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>