138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4234 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  100 
 
 
162 aa  328  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  94.44 
 
 
162 aa  316  9e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  94.44 
 
 
162 aa  316  9e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  93.83 
 
 
162 aa  314  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  82.1 
 
 
162 aa  278  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  70.19 
 
 
165 aa  229  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  68.94 
 
 
165 aa  226  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  72.99 
 
 
141 aa  195  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  60.87 
 
 
165 aa  189  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  44.26 
 
 
178 aa  104  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  44.59 
 
 
154 aa  97.4  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  36.59 
 
 
159 aa  95.5  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  35.98 
 
 
159 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  34.62 
 
 
160 aa  84.3  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  31.55 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  31.55 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  31.55 
 
 
169 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  32.64 
 
 
138 aa  81.3  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  29.94 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  29.94 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  29.94 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  29.94 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  34.87 
 
 
145 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  30.91 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  35.46 
 
 
157 aa  79.7  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  31.55 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0529  membrane protein  35.29 
 
 
158 aa  79  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000865076  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  36.62 
 
 
163 aa  78.6  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  42.39 
 
 
166 aa  79  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  32.02 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  31.79 
 
 
174 aa  79  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  30.99 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  30.81 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  36.11 
 
 
147 aa  72  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  41.3 
 
 
166 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  40.91 
 
 
166 aa  70.9  0.000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  31.01 
 
 
169 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  33.12 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  29.63 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  29.49 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  31.98 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  32.94 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  30 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  28.29 
 
 
157 aa  64.7  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  32.89 
 
 
184 aa  63.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  37.36 
 
 
279 aa  63.2  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  37.36 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  26.75 
 
 
166 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  33.88 
 
 
174 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  26.19 
 
 
217 aa  55.1  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  29.75 
 
 
174 aa  54.7  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  30.12 
 
 
176 aa  54.3  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  30.61 
 
 
140 aa  54.3  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  26.63 
 
 
170 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  32.26 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  33.33 
 
 
270 aa  52.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  31.55 
 
 
181 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  26.99 
 
 
160 aa  51.2  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  27.42 
 
 
173 aa  51.2  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  24.24 
 
 
224 aa  50.8  0.000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3024  branched-chain amino acid aminotransferase I  37.97 
 
 
167 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  31.75 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  29.7 
 
 
169 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  31.68 
 
 
169 aa  50.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  27.59 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  31.68 
 
 
169 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  28.16 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  28.16 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  31.68 
 
 
169 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  31.68 
 
 
169 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  31.68 
 
 
169 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  31.68 
 
 
169 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  28.16 
 
 
168 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10177  MCE associated membrane protein  38.16 
 
 
322 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  33.78 
 
 
156 aa  48.5  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3078  hypothetical protein  36.84 
 
 
406 aa  48.5  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  28.1 
 
 
181 aa  48.5  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  28.71 
 
 
168 aa  47.8  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0098  RDD domain containing protein  36.36 
 
 
204 aa  47.8  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  46.67 
 
 
146 aa  47.8  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1263  RDD domain-containing protein  30.72 
 
 
152 aa  47.4  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0359346  normal  0.130188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0891  RDD domain-containing protein  34.62 
 
 
152 aa  47.4  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  26.72 
 
 
186 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1568  RDD domain-containing protein  37.8 
 
 
448 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.957894  normal  0.02442 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  29.14 
 
 
257 aa  47  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  40.28 
 
 
424 aa  47  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  23.98 
 
 
181 aa  47  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0542  RDD family protein  36.36 
 
 
216 aa  45.8  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0643  RDD family protein  37.21 
 
 
195 aa  46.6  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1501  RDD domain-containing protein  37.8 
 
 
444 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.561992  hitchhiker  0.000145013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1562  RDD domain-containing protein  37.8 
 
 
449 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0211691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1700  RDD domain containing protein  36.59 
 
 
415 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.6304  hitchhiker  0.00000345448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3457  RDD domain containing protein  28.87 
 
 
205 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.052067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2662  RDD domain-containing protein  36.59 
 
 
412 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2369  RDD domain-containing protein  37.65 
 
 
398 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0712  RDD domain-containing protein  29.41 
 
 
634 aa  46.2  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2684  RDD domain-containing protein  36.59 
 
 
415 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0059123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2763  RDD domain-containing protein  36.59 
 
 
412 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.136751  hitchhiker  0.000413792 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  31.62 
 
 
166 aa  45.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  30.85 
 
 
214 aa  45.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>