More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1569 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 181 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  94.48 
 
 		 181 aa  363  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  94.48 
 
 		 181 aa  362  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 181 aa  301  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  77.35 
 
 		 181 aa  300  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  69.61 
 
 		 181 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  263  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  66.85 
 
 		 228 aa  258  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 181 aa  255  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  65 
 
 		 181 aa  254  4e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  65 
 
 		 181 aa  254  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 181 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 228 aa  250  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 228 aa  250  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 180 aa  249  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  61.45 
 
 		 181 aa  241  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  63.33 
 
 		 184 aa  239  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  61.88 
 
 		 184 aa  237  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 185 aa  231  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  59.89 
 
 		 206 aa  229  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 197 aa  223  8e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  55.38 
 
 		 188 aa  215  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  49.72 
 
 		 423 aa  197  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  47.16 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 202 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 201 aa  171  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 185 aa  160  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  43.35 
 
 		 188 aa  139  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 		 192 aa  117  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 		 756 aa  75.5  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 		 740 aa  75.1  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.58 
 
 		 736 aa  70.1  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.62 
 
 		 742 aa  65.1  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.09 
 
 		 617 aa  64.7  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 		 743 aa  63.5  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  56.6 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.18 
 
 		 213 aa  62  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  61.6  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.58 
 
 		 1093 aa  61.2  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  44.33 
 
 		 214 aa  61.2  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.36 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  56.36 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  52.83 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  53.85 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  36.36 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 		 940 aa  59.3  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  55.74 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  34 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  47.5 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  49.06 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  53.7 
 
 		 643 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.7 
 
 		 643 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 201 aa  57.8  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  50.94 
 
 		 246 aa  57.8  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  34.95 
 
 		 200 aa  57.8  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  46.15 
 
 		 206 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 205 aa  57  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  45.61 
 
 		 205 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  46.55 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  54.1 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  45.16 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  45.61 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 612 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  45.61 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 437 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  49.06 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.76 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.98 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3745  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  44.26 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0846  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  33 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  47.17 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>