146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3659 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 785 aa  1615    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  30.48 
 
 		 782 aa  261  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  31.64 
 
 		 721 aa  253  7e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  29 
 
 		 556 aa  111  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  29 
 
 		 556 aa  111  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  29 
 
 		 556 aa  111  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  29 
 
 		 556 aa  111  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  30.91 
 
 		 625 aa  109  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25.13 
 
 		 653 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  31.9 
 
 		 422 aa  108  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  26.91 
 
 		 617 aa  108  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  36.29 
 
 		 541 aa  107  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  36.29 
 
 		 541 aa  107  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  36.29 
 
 		 541 aa  107  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  36.29 
 
 		 541 aa  107  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  25.45 
 
 		 617 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  28.42 
 
 		 618 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  27.21 
 
 		 618 aa  104  8e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  27.21 
 
 		 618 aa  104  8e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  29.1 
 
 		 560 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  29.32 
 
 		 551 aa  102  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  30.9 
 
 		 509 aa  101  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  31.51 
 
 		 611 aa  101  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  30.31 
 
 		 572 aa  101  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  30.9 
 
 		 562 aa  101  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  30 
 
 		 900 aa  101  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  30 
 
 		 900 aa  101  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  31.51 
 
 		 595 aa  100  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  32.27 
 
 		 382 aa  97.4  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  26.78 
 
 		 902 aa  97.1  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  31.56 
 
 		 554 aa  97.1  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  27.23 
 
 		 626 aa  95.5  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  30.08 
 
 		 630 aa  95.1  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  30.93 
 
 		 902 aa  94.4  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  27.69 
 
 		 636 aa  92.4  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.69 
 
 		 652 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.69 
 
 		 652 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.69 
 
 		 652 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.19 
 
 		 677 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  28.99 
 
 		 614 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  29.26 
 
 		 548 aa  89.7  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  27.69 
 
 		 640 aa  89.7  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  27.69 
 
 		 632 aa  89.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  28.85 
 
 		 616 aa  87.8  7e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  27.81 
 
 		 640 aa  85.9  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.02 
 
 		 649 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  38.85 
 
 		 497 aa  85.5  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  27.81 
 
 		 640 aa  85.9  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  29.39 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  30.51 
 
 		 640 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  28.92 
 
 		 547 aa  82  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.39 
 
 		 650 aa  80.9  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  37.09 
 
 		 550 aa  80.5  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  29.77 
 
 		 552 aa  80.1  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  24.92 
 
 		 886 aa  79  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  27.09 
 
 		 710 aa  78.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3873  Integrase catalytic region  29.45 
 
 		 960 aa  77.8  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  27.43 
 
 		 481 aa  77  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  27.94 
 
 		 636 aa  76.6  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  28.44 
 
 		 599 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  27.42 
 
 		 670 aa  76.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  28.44 
 
 		 599 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2453  Integrase catalytic region  26.28 
 
 		 917 aa  76.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.481095  hitchhiker  0.00214195 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  22.16 
 
 		 575 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  26.99 
 
 		 481 aa  75.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  31.2 
 
 		 560 aa  75.9  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  22.16 
 
 		 662 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  22.16 
 
 		 662 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  29.68 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  29.68 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  29.68 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  29.68 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  29.68 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  24.48 
 
 		 782 aa  73.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  28.51 
 
 		 907 aa  72.8  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  29.33 
 
 		 542 aa  72  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  25.56 
 
 		 567 aa  70.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  24.43 
 
 		 480 aa  70.5  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  24.43 
 
 		 480 aa  70.5  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  26.87 
 
 		 733 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  24.56 
 
 		 791 aa  68.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0212  integrase catalytic subunit  28.77 
 
 		 1010 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2895  integrase catalytic subunit  28.77 
 
 		 976 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  30.54 
 
 		 555 aa  67.4  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1659  Integrase catalytic region  28.51 
 
 		 922 aa  67  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.41 
 
 		 497 aa  67.4  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.41 
 
 		 497 aa  67.4  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.41 
 
 		 497 aa  67.4  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  24.22 
 
 		 774 aa  65.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4430  hypothetical protein  26.02 
 
 		 876 aa  65.5  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0564261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  30.82 
 
 		 536 aa  64.7  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  29.44 
 
 		 728 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  33.33 
 
 		 581 aa  63.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  26.58 
 
 		 626 aa  63.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  25.87 
 
 		 322 aa  62  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  26.83 
 
 		 561 aa  61.6  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  25.49 
 
 		 696 aa  60.8  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  30.82 
 
 		 560 aa  60.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  32.84 
 
 		 780 aa  58.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0544  integrase catalytic region  22.68 
 
 		 947 aa  58.2  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>