127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6966 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  100 
 
 
728 aa  1507    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5458  Tn7-like transposase  36.66 
 
 
725 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.451472  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1202  Tn5468, transposase protein B  34.21 
 
 
722 aa  350  7e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3198  Tn5468, transposase protein B  34.75 
 
 
721 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.649302  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2802  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  34.75 
 
 
721 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3948  HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain protein  30.65 
 
 
690 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  30.76 
 
 
743 aa  327  5e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3487  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  30.89 
 
 
742 aa  307  5.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.054848  normal  0.0804563 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  30.96 
 
 
721 aa  303  1e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0175  Tn7-like transposition protein B  27.73 
 
 
716 aa  294  5e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  34.81 
 
 
696 aa  288  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  31.83 
 
 
696 aa  281  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  31.11 
 
 
728 aa  280  7e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7026  Tn7-like transposition protein B  34.56 
 
 
735 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.314697  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  33.45 
 
 
672 aa  273  7e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5724  Tn7-like transposition protein B  30.26 
 
 
723 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.229078 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  31.88 
 
 
730 aa  269  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  27 
 
 
717 aa  262  1e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4971  hypothetical protein  32.22 
 
 
806 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  36.27 
 
 
447 aa  258  4e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  28.66 
 
 
697 aa  244  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4359  integrase catalytic subunit  30.35 
 
 
690 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5194  Tn7-like transposition protein B  29.5 
 
 
723 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460323  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4326  hypothetical protein  30.59 
 
 
536 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3108  transposon Tn7 transposition protein B  26.79 
 
 
735 aa  111  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  30.62 
 
 
536 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1175  hypothetical protein  23.87 
 
 
748 aa  99.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.628248  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  23.48 
 
 
618 aa  94.4  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6942  hypothetical protein  21.14 
 
 
724 aa  94.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.62417  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  24.27 
 
 
542 aa  89.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  27.51 
 
 
599 aa  87.4  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  27.51 
 
 
599 aa  87.4  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  26.39 
 
 
509 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  26.39 
 
 
572 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  26.39 
 
 
562 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  27.34 
 
 
560 aa  85.9  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  24.01 
 
 
548 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  24.1 
 
 
554 aa  82.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  26.5 
 
 
551 aa  82.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  27.56 
 
 
644 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  27.76 
 
 
552 aa  80.9  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  26.82 
 
 
625 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  24.02 
 
 
618 aa  79.7  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  24.02 
 
 
618 aa  79.7  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  30.9 
 
 
422 aa  79.7  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  25.26 
 
 
556 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  25.26 
 
 
556 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  25.26 
 
 
556 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  25.26 
 
 
556 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  21.74 
 
 
614 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  24.17 
 
 
595 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  25.78 
 
 
560 aa  78.2  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  23.79 
 
 
558 aa  78.2  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  23.79 
 
 
558 aa  78.2  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  26.32 
 
 
547 aa  78.2  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  24.76 
 
 
721 aa  77.4  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  25.24 
 
 
561 aa  77.4  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  26.55 
 
 
547 aa  77  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  25.99 
 
 
541 aa  77  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  25.99 
 
 
541 aa  77  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  25.99 
 
 
541 aa  77  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  25.99 
 
 
541 aa  77  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  24.32 
 
 
636 aa  76.6  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  23.59 
 
 
560 aa  73.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  29.19 
 
 
630 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  25.41 
 
 
626 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  25.97 
 
 
382 aa  71.6  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  24.3 
 
 
567 aa  70.1  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  23.94 
 
 
550 aa  70.1  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  24.31 
 
 
632 aa  69.7  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  24.21 
 
 
810 aa  68.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  26.23 
 
 
555 aa  67.4  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  29.48 
 
 
617 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  25 
 
 
497 aa  67  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  27.04 
 
 
782 aa  67  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  23.59 
 
 
617 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  25.46 
 
 
640 aa  67  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  24.34 
 
 
581 aa  65.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  22.55 
 
 
616 aa  65.9  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  26.42 
 
 
636 aa  64.7  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  29.44 
 
 
785 aa  64.7  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  23.97 
 
 
663 aa  63.9  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  23.97 
 
 
733 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  24.22 
 
 
640 aa  63.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  22.18 
 
 
677 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  24.2 
 
 
611 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  22.18 
 
 
652 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  22.18 
 
 
652 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  22.18 
 
 
652 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  24.22 
 
 
640 aa  62.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  24.22 
 
 
640 aa  62.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  28.19 
 
 
902 aa  61.6  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  31.09 
 
 
322 aa  57  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  21.92 
 
 
480 aa  55.8  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  21.92 
 
 
480 aa  55.8  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  23.91 
 
 
650 aa  55.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  25.38 
 
 
651 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  25.75 
 
 
670 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  21.04 
 
 
653 aa  52.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  23.57 
 
 
677 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>