More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0882 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.89 
 
 
268 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.42 
 
 
268 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.06 
 
 
268 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  83.15 
 
 
269 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
267 aa  349  3e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.16 
 
 
256 aa  342  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
258 aa  342  5e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.84 
 
 
256 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
267 aa  338  4e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.27 
 
 
259 aa  333  2e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
263 aa  332  4e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
255 aa  279  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
253 aa  255  4e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
260 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
260 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
260 aa  244  6.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
255 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
258 aa  236  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.73 
 
 
257 aa  237  2e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  46.12 
 
 
262 aa  226  2e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
284 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
284 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
284 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  48.02 
 
 
256 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  44.36 
 
 
281 aa  213  1.9999999999999998e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.95 
 
 
269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  44.79 
 
 
264 aa  210  2e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.44 
 
 
257 aa  202  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
256 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  40.38 
 
 
267 aa  186  3e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
257 aa  180  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  42.08 
 
 
260 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
258 aa  175  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
257 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
260 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 
259 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 
260 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  42.08 
 
 
274 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  39 
 
 
260 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  40.6 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 
263 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 
263 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 
264 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06274  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_7G04540)  37.67 
 
 
345 aa  159  4e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0418357  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  39.23 
 
 
260 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
262 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  35.5 
 
 
269 aa  159  6e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
254 aa  159  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
257 aa  158  9e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
262 aa  156  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
260 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 
260 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  38.19 
 
 
267 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
263 aa  151  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.74 
 
 
246 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
259 aa  149  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
247 aa  149  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.13 
 
 
253 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  37.22 
 
 
254 aa  148  9e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  37.22 
 
 
254 aa  148  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 
289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.14 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
258 aa  146  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  35 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.73 
 
 
255 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.58 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
263 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.74 
 
 
253 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
254 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 
254 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
254 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
254 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 
254 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
254 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 
254 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.61 
 
 
254 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1758  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
255 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.828711  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
251 aa  143  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  35.88 
 
 
254 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
251 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 
254 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
251 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.02 
 
 
258 aa  142  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
254 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.15 
 
 
250 aa  142  6e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.86 
 
 
250 aa  142  8e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
257 aa  142  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
254 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>