199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0419 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0419  Smr protein/MutS2  100 
 
 		 198 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0402  Smr protein/MutS2  88.38 
 
 		 197 aa  325  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953066  normal  0.213623 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0307  Smr protein/MutS2  74.75 
 
 		 194 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0301  Smr protein/MutS2  58.57 
 
 		 202 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0154  hypothetical protein  62.7 
 
 		 191 aa  210  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0109  Smr protein/MutS2  61.03 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0302228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0119  Smr protein/MutS2  59.09 
 
 		 196 aa  203  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174044  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3218  Smr protein/MutS2  42.39 
 
 		 191 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4270  Smr protein/MutS2  40.1 
 
 		 188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3715  Smr protein/MutS2  43.69 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465201 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2982  Smr protein/MutS2  43.22 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1376  Smr protein/MutS2  48.35 
 
 		 185 aa  122  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.104289  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2050  Smr protein/MutS2  42.51 
 
 		 196 aa  121  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398332  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1144  Smr protein/MutS2  46.32 
 
 		 200 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00126532 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3944  Smr protein/MutS2  41.18 
 
 		 189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.546577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1000  Smr protein/MutS2  47.25 
 
 		 186 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0844  Smr protein/MutS2  40.34 
 
 		 205 aa  117  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2076  Smr family protein  40.1 
 
 		 200 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1996  Smr family protein  40.1 
 
 		 200 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2902  Smr protein/MutS2  41.33 
 
 		 198 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0011  DNA repair protein  40.66 
 
 		 179 aa  115  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.27196  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1241  putative Smr protein/MutS2  40.82 
 
 		 198 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2678  Smr protein/MutS2  40.82 
 
 		 198 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676397  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3602  Smr protein/MutS2-like  43.46 
 
 		 196 aa  112  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0423401  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1246  Smr protein/MutS2  42.42 
 
 		 213 aa  108  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.731198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3487  Smr protein/MutS2  42.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3113  Smr protein/MutS2  39.3 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1679  Smr protein/MutS2  58.59 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1293  Smr domain-containing protein  36.81 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.564372  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0189  Smr protein/MutS2  34.65 
 
 		 203 aa  98.2  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524914  normal  0.882367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3443  Smr protein/MutS2  37.82 
 
 		 197 aa  95.5  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2787  Smr protein/MutS2  36.41 
 
 		 202 aa  89.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1841  Smr protein/MutS2  54.55 
 
 		 261 aa  88.2  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.1304  normal  0.613654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1562  Smr protein/MutS2  55.1 
 
 		 256 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5040  Smr protein/MutS2  37.77 
 
 		 179 aa  86.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.569688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2853  Smr protein/MutS2  36.18 
 
 		 200 aa  85.9  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241064  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3162  Smr protein/MutS2  39.22 
 
 		 450 aa  72.4  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0140456 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1178  Smr protein/MutS2  31.77 
 
 		 364 aa  71.6  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3832  Smr protein/MutS2  31.72 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.334235  normal  0.0950687 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1679  Smr protein/MutS2  30.46 
 
 		 275 aa  65.1  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.617343 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2224  hypothetical protein  29.1 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2253  hypothetical protein  28.04 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0952  Smr domain-containing protein  29.51 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0169  Smr domain-containing protein  25.5 
 
 		 369 aa  62.4  0.000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0797  Smr domain-containing protein  26.85 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0279  Smr protein/MutS2 C-terminal  23.4 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0391  Smr protein/MutS2  36.89 
 
 		 232 aa  61.2  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2040  Smr domain-containing protein  33.77 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000278249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1070  transcription factor jumonji, jmjC  27.78 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2018  Smr protein/MutS2  34.75 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00401089 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3354  Smr protein/MutS2  40.91 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0904  Smr protein/MutS2  31.52 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1441  Smr protein/MutS2-like  36.17 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000139751  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0927  Smr protein/MutS2  27.98 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.238987 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0369  Smr protein/MutS2  36.07 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0350  Smr protein/MutS2  37.25 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000775937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2056  Smr protein/MutS2  27.65 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000826429  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0545  Smr protein/MutS2  36.75 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1014  smr domain-containing protein  39.22 
 
 		 239 aa  58.2  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.883954  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0582  Smr protein/MutS2  30.5 
 
 		 190 aa  57.8  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.146965  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0633  Smr protein/MutS2  40 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3896  Smr protein/MutS2  38.18 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000432884  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0493  Smr protein/MutS2  36.7 
 
 		 180 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.769086 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4083  Smr protein/MutS2  36.36 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3940  Smr protein/MutS2-like  36.36 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0284  Smr protein/MutS2  28.16 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4124  Smr protein/MutS2  37.6 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1830  Smr protein/MutS2  44.09 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2895  Smr protein/MutS2  29.44 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.972637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0415  Smr protein/MutS2  30.39 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4076  Smr protein/MutS2-like  40.91 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0510  Smr protein/MutS2  37.37 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0867  Smr domain-containing protein  35 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.283127  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1906  Smr protein/MutS2-like  33.33 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.318936  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1431  Smr protein/MutS2  39.81 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2696  hypothetical protein  40.62 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0845  Smr protein/MutS2  40.91 
 
 		 259 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2558  Smr protein/MutS2  40.2 
 
 		 221 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0494  Smr protein/MutS2  40.91 
 
 		 259 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33173  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2154  Smr protein/MutS2  40.2 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.133622  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0934  Smr protein/MutS2  40.91 
 
 		 259 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0973  Smr protein/MutS2  40.91 
 
 		 259 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4050  Smr protein/MutS2  36.36 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2425  Smr protein/MutS2  39.77 
 
 		 292 aa  54.3  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4034  Smr protein/MutS2  34.86 
 
 		 218 aa  53.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1716  Smr protein/MutS2-like  35.35 
 
 		 185 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2341  Smr protein/MutS2  25.14 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.470038  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1923  Smr protein/MutS2  27.96 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000517938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2247  Smr protein/MutS2  26.42 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2052  Smr protein/MutS2  27.42 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418346  normal  0.517442 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4533  hypothetical protein  27.42 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1292  Smr protein/MutS2 C-terminal  37.76 
 
 		 256 aa  52.8  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3443  hypothetical protein  37.89 
 
 		 252 aa  52.4  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.840261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2124  Smr protein/MutS2  27.42 
 
 		 196 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.114209  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0683  Smr protein/MutS2  38.2 
 
 		 224 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00169527  normal  0.676514 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1432  Smr protein/MutS2  35 
 
 		 186 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.334747  normal  0.447533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2157  Smr protein/MutS2  27.42 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00299005  normal  0.7634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2169  Smr protein/MutS2  27.42 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.240266 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1036  Smr protein/MutS2  37.89 
 
 		 299 aa  52  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.407236 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4246  Smr protein/MutS2  31.31 
 
 		 193 aa  51.6  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.214876  hitchhiker  0.0000000000382903 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>