198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0307 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0307  Smr protein/MutS2  100 
 
 		 194 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0419  Smr protein/MutS2  74.75 
 
 		 198 aa  284  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0402  Smr protein/MutS2  75.96 
 
 		 197 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953066  normal  0.213623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0154  hypothetical protein  59.78 
 
 		 191 aa  200  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0301  Smr protein/MutS2  55.98 
 
 		 202 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0119  Smr protein/MutS2  58.33 
 
 		 196 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174044  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0109  Smr protein/MutS2  58.25 
 
 		 192 aa  184  7e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0302228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1000  Smr protein/MutS2  45.45 
 
 		 186 aa  124  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3715  Smr protein/MutS2  43.54 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465201 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2982  Smr protein/MutS2  41.92 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1144  Smr protein/MutS2  43.98 
 
 		 200 aa  122  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00126532 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1376  Smr protein/MutS2  47.78 
 
 		 185 aa  120  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.104289  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4270  Smr protein/MutS2  42.33 
 
 		 188 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2050  Smr protein/MutS2  44.72 
 
 		 196 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398332  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_004310  BR2076  Smr family protein  42.19 
 
 		 200 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1996  Smr family protein  42.19 
 
 		 200 aa  115  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3218  Smr protein/MutS2  41.85 
 
 		 191 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0844  Smr protein/MutS2  40.8 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0011  DNA repair protein  43.02 
 
 		 179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.27196  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3602  Smr protein/MutS2-like  43.75 
 
 		 196 aa  108  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0423401  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3944  Smr protein/MutS2  40.74 
 
 		 189 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.546577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1241  putative Smr protein/MutS2  42.42 
 
 		 198 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2902  Smr protein/MutS2  42.42 
 
 		 198 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1246  Smr protein/MutS2  38.34 
 
 		 213 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.731198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1679  Smr protein/MutS2  58.59 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3487  Smr protein/MutS2  40.56 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2678  Smr protein/MutS2  38.38 
 
 		 198 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676397  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1293  Smr domain-containing protein  35.91 
 
 		 195 aa  101  8e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.564372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3113  Smr protein/MutS2  40 
 
 		 211 aa  99  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0189  Smr protein/MutS2  33.98 
 
 		 203 aa  93.2  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524914  normal  0.882367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5040  Smr protein/MutS2  37.78 
 
 		 179 aa  92.8  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.569688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2853  Smr protein/MutS2  39.6 
 
 		 200 aa  92  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241064  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1841  Smr protein/MutS2  54.55 
 
 		 261 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.1304  normal  0.613654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3443  Smr protein/MutS2  38.24 
 
 		 197 aa  91.7  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1562  Smr protein/MutS2  54.55 
 
 		 256 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2787  Smr protein/MutS2  35.61 
 
 		 202 aa  86.7  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3162  Smr protein/MutS2  41.24 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0140456 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0279  Smr protein/MutS2 C-terminal  22.58 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0391  Smr protein/MutS2  35.35 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2040  Smr domain-containing protein  33.55 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000278249  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0169  Smr domain-containing protein  36 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0797  Smr domain-containing protein  26.42 
 
 		 189 aa  64.3  0.000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2018  Smr protein/MutS2  35.04 
 
 		 173 aa  64.3  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00401089 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1441  Smr protein/MutS2-like  36.26 
 
 		 313 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000139751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4083  Smr protein/MutS2  38.14 
 
 		 221 aa  62  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0927  Smr protein/MutS2  35.35 
 
 		 225 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.238987 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1679  Smr protein/MutS2  35.51 
 
 		 275 aa  61.6  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.617343 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3940  Smr protein/MutS2-like  38.14 
 
 		 270 aa  61.6  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1178  Smr protein/MutS2  28.64 
 
 		 364 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4050  Smr protein/MutS2  38.14 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0415  Smr protein/MutS2  31 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3354  Smr protein/MutS2  41.67 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2056  Smr protein/MutS2  27.87 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000826429  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0493  Smr protein/MutS2  38.14 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.769086 
 
 
-
 
NC_002978  WD0952  Smr domain-containing protein  29.36 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0284  Smr protein/MutS2  31.4 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2096  Smr protein/MutS2  28.34 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1431  Smr protein/MutS2  39.25 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3832  Smr protein/MutS2  32.45 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.334235  normal  0.0950687 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1906  Smr protein/MutS2-like  33 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.318936  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0582  Smr protein/MutS2  31.28 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.146965  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0633  Smr protein/MutS2  38.71 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0904  Smr protein/MutS2  37.11 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4124  Smr protein/MutS2  37.4 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0545  Smr protein/MutS2  33.91 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2696  hypothetical protein  38.71 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1830  Smr protein/MutS2  42.22 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3896  Smr protein/MutS2  37.39 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000432884  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2154  Smr protein/MutS2  39 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.133622  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4034  Smr protein/MutS2  34.58 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0510  Smr protein/MutS2  37.38 
 
 		 240 aa  54.7  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4076  Smr protein/MutS2-like  39.53 
 
 		 278 aa  53.9  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0024  Smr protein/MutS2-like  28.8 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.415846  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2558  Smr protein/MutS2  39 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0845  Smr protein/MutS2  39.53 
 
 		 259 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0369  Smr protein/MutS2  34.71 
 
 		 236 aa  53.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2224  hypothetical protein  28.65 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1292  Smr protein/MutS2 C-terminal  37.5 
 
 		 256 aa  53.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0683  Smr protein/MutS2  37.93 
 
 		 224 aa  53.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00169527  normal  0.676514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1923  Smr protein/MutS2  26.2 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000517938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0494  Smr protein/MutS2  39.53 
 
 		 259 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33173  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2052  Smr protein/MutS2  25.67 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418346  normal  0.517442 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0973  Smr protein/MutS2  39.53 
 
 		 259 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2425  Smr protein/MutS2  38.37 
 
 		 292 aa  52.8  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0934  Smr protein/MutS2  39.53 
 
 		 259 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1820  Smr protein/MutS2  26.92 
 
 		 188 aa  52.4  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.391136  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2602  Smr protein/MutS2 C-terminal  37.08 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3443  hypothetical protein  36.56 
 
 		 252 aa  52  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.840261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1432  Smr protein/MutS2  26.32 
 
 		 186 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.334747  normal  0.447533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2157  Smr protein/MutS2  25.67 
 
 		 196 aa  52  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00299005  normal  0.7634 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2895  Smr protein/MutS2  30.17 
 
 		 182 aa  51.6  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.972637  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2343  hypothetical protein  37 
 
 		 221 aa  51.6  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.160848 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2253  hypothetical protein  27.57 
 
 		 189 aa  51.6  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1014  smr domain-containing protein  38 
 
 		 239 aa  51.2  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.883954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1716  Smr protein/MutS2-like  34.07 
 
 		 185 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2669  hypothetical protein  29.59 
 
 		 175 aa  51.2  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1000  hypothetical protein  37.63 
 
 		 219 aa  50.8  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.143788 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1036  Smr protein/MutS2  36.56 
 
 		 299 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.407236 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1988  Smr domain protein  35.14 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.611909 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0696  Smr protein/MutS2  39 
 
 		 226 aa  50.1  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.648126 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>