208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3218 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3218  Smr protein/MutS2  100 
 
 		 191 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3944  Smr protein/MutS2  63.39 
 
 		 189 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.546577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4270  Smr protein/MutS2  59.07 
 
 		 188 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0011  DNA repair protein  60.12 
 
 		 179 aa  199  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.27196  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2076  Smr family protein  54.4 
 
 		 200 aa  174  6e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1996  Smr family protein  54.4 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0844  Smr protein/MutS2  49.74 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3487  Smr protein/MutS2  48.59 
 
 		 180 aa  133  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1293  Smr domain-containing protein  40.98 
 
 		 195 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.564372  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0419  Smr protein/MutS2  42.39 
 
 		 198 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0402  Smr protein/MutS2  42.39 
 
 		 197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953066  normal  0.213623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0154  hypothetical protein  40.22 
 
 		 191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0301  Smr protein/MutS2  53.47 
 
 		 202 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0119  Smr protein/MutS2  39.58 
 
 		 196 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174044  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0307  Smr protein/MutS2  37.04 
 
 		 194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3715  Smr protein/MutS2  37.56 
 
 		 211 aa  108  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465201 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2787  Smr protein/MutS2  35.47 
 
 		 202 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0109  Smr protein/MutS2  38.42 
 
 		 192 aa  102  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0302228 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2982  Smr protein/MutS2  35.29 
 
 		 199 aa  101  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3602  Smr protein/MutS2-like  51.46 
 
 		 196 aa  99.4  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0423401  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1000  Smr protein/MutS2  38.59 
 
 		 186 aa  99  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1376  Smr protein/MutS2  37.5 
 
 		 185 aa  97.8  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.104289  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1679  Smr protein/MutS2  53 
 
 		 262 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2050  Smr protein/MutS2  39.38 
 
 		 196 aa  95.5  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398332  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1246  Smr protein/MutS2  44.44 
 
 		 213 aa  94.4  9e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.731198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3113  Smr protein/MutS2  45.3 
 
 		 211 aa  92.8  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2902  Smr protein/MutS2  34.78 
 
 		 198 aa  92  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1241  putative Smr protein/MutS2  34.78 
 
 		 198 aa  92  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2678  Smr protein/MutS2  35.32 
 
 		 198 aa  91.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676397  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1562  Smr protein/MutS2  49 
 
 		 256 aa  87.8  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1841  Smr protein/MutS2  48 
 
 		 261 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.1304  normal  0.613654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1144  Smr protein/MutS2  35.71 
 
 		 200 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00126532 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0189  Smr protein/MutS2  35.15 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524914  normal  0.882367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5040  Smr protein/MutS2  47.47 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.569688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3443  Smr protein/MutS2  41.51 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2853  Smr protein/MutS2  31.68 
 
 		 200 aa  74.7  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241064  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_002978  WD0952  Smr domain-containing protein  30.56 
 
 		 166 aa  73.6  0.000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0279  Smr protein/MutS2 C-terminal  30.63 
 
 		 204 aa  67.8  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3162  Smr protein/MutS2  37.86 
 
 		 450 aa  67  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0140456 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0169  Smr domain-containing protein  36.63 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3896  Smr protein/MutS2  30.56 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000432884  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1014  smr domain-containing protein  37.25 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.883954  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3354  Smr protein/MutS2  33.33 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0493  Smr protein/MutS2  37.14 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.769086 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0797  Smr domain-containing protein  31.07 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0510  Smr protein/MutS2  39.58 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1431  Smr protein/MutS2  40.95 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0545  Smr protein/MutS2  30.41 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0391  Smr protein/MutS2  31.19 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2895  Smr protein/MutS2  37.23 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.972637  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4076  Smr protein/MutS2-like  39.25 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1923  Smr protein/MutS2  34.91 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000517938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2056  Smr protein/MutS2  32.73 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000826429  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3940  Smr protein/MutS2-like  36.19 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2052  Smr protein/MutS2  34.91 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418346  normal  0.517442 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0350  Smr protein/MutS2  32.74 
 
 		 232 aa  59.3  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000775937 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4083  Smr protein/MutS2  36.19 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4050  Smr protein/MutS2  35.83 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0867  Smr domain-containing protein  32.26 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.283127  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0934  Smr protein/MutS2  41.67 
 
 		 259 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0494  Smr protein/MutS2  41.67 
 
 		 259 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0973  Smr protein/MutS2  41.67 
 
 		 259 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2157  Smr protein/MutS2  33.96 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00299005  normal  0.7634 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0369  Smr protein/MutS2  35 
 
 		 236 aa  58.2  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0845  Smr protein/MutS2  41.67 
 
 		 259 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0415  Smr protein/MutS2  29.13 
 
 		 253 aa  58.2  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2124  Smr protein/MutS2  33.02 
 
 		 196 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.114209  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2247  Smr protein/MutS2  33.02 
 
 		 213 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2169  Smr protein/MutS2  33.02 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.240266 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2425  Smr protein/MutS2  40.74 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1679  Smr protein/MutS2  34.95 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.617343 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0284  Smr protein/MutS2  40.91 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2260  Smr protein/MutS2  33.02 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286788 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1118  Smr protein/MutS2  36.46 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.348021  normal  0.272827 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0927  Smr protein/MutS2  34.95 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.238987 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4533  hypothetical protein  33.02 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0904  Smr protein/MutS2  35 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1070  transcription factor jumonji, jmjC  32.73 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1675  Smr protein/MutS2  33.93 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.377417  normal  0.101642 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1781  Smr protein/MutS2  33.93 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.188512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1843  Smr protein/MutS2  33.93 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01259  hypothetical protein  32.38 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2018  Smr protein/MutS2  34.51 
 
 		 173 aa  55.5  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00401089 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1493  smr domain protein  33.93 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1783  Smr protein/MutS2  33.93 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.399196  normal  0.131762 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2224  hypothetical protein  33.66 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1036  Smr protein/MutS2  34.15 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.407236 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004195  hypothetical protein  32.38 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000447075  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1861  Smr protein/MutS2  33.02 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1441  Smr protein/MutS2-like  31.19 
 
 		 313 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000139751  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3443  hypothetical protein  37.37 
 
 		 252 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.840261 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1815  hypothetical protein  31.13 
 
 		 192 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2253  hypothetical protein  32.67 
 
 		 189 aa  54.3  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2552  Smr protein/MutS2-like  35.29 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000049818  hitchhiker  0.000000000032251 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0582  Smr protein/MutS2  28.19 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.146965  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1292  Smr protein/MutS2 C-terminal  38.66 
 
 		 256 aa  53.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1559  Smr domain-containing protein  38.89 
 
 		 247 aa  53.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0833  Smr protein/MutS2  38.95 
 
 		 259 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1818  Smr domain-containing protein  30.59 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0633  Smr protein/MutS2  35.35 
 
 		 266 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>