More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0246 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.89 
 
 
268 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.02 
 
 
268 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.15 
 
 
268 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  83.96 
 
 
269 aa  424  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.44 
 
 
258 aa  351  8e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.65 
 
 
256 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.57 
 
 
267 aa  343  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.53 
 
 
263 aa  340  1e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.99 
 
 
256 aa  340  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.37 
 
 
267 aa  337  9.999999999999999e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.89 
 
 
259 aa  334  7e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
255 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.46 
 
 
256 aa  247  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
260 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.54 
 
 
253 aa  245  4.9999999999999997e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
260 aa  241  7.999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
260 aa  240  2e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
255 aa  238  5e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
255 aa  237  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
257 aa  237  2e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  46.12 
 
 
262 aa  231  1e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
258 aa  231  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
284 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
284 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
284 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
269 aa  215  5e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  47.04 
 
 
256 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  43.63 
 
 
264 aa  209  4e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  42.59 
 
 
281 aa  206  3e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
256 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.51 
 
 
257 aa  198  6e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  42.69 
 
 
267 aa  194  1e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
257 aa  192  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  42.31 
 
 
260 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  41.92 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
257 aa  171  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
258 aa  168  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.65 
 
 
259 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
260 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  39.39 
 
 
267 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
254 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
257 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 
274 aa  159  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 
260 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.08 
 
 
260 aa  158  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.41 
 
 
260 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
263 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 
258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 
264 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 
263 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
257 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 
262 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.8 
 
 
248 aa  153  4e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  35.36 
 
 
269 aa  152  4e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.58 
 
 
258 aa  152  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 
262 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
254 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1758  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
255 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.828711  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06274  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_7G04540)  35.4 
 
 
345 aa  149  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0418357  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
259 aa  148  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
267 aa  149  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  38.02 
 
 
254 aa  149  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
254 aa  148  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
254 aa  148  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.47 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 
265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 
289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.74 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
247 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 
263 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.8 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.41 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.7 
 
 
254 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
246 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.58 
 
 
253 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.8 
 
 
246 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
251 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
246 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
251 aa  143  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5663  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.48 
 
 
251 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.08 
 
 
250 aa  142  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
251 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.8 
 
 
246 aa  142  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
254 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.38 
 
 
256 aa  142  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
254 aa  142  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.13 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.49 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>