158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0243 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 236 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  72.88 
 
 		 234 aa  346  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  40.09 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  40.09 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  40.09 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 235 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  38.91 
 
 		 266 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 235 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  40.53 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  39.83 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.16 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.55 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.05 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.05 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  36.73 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 260 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 230 aa  85.9  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  30.48 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.47 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.97 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.05 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  28.66 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.1 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.25 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.25 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0396  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  23.53 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  27.89 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2515  cyclic nucleotide-binding  24.24 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513928  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 225 aa  52.8  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 228 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 255 aa  52.4  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.3 
 
 		 225 aa  52.4  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  25 
 
 		 225 aa  52.4  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3110  cyclic nucleotide-binding protein  24.65 
 
 		 222 aa  52.4  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 214 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  23.94 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  23.08 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.94 
 
 		 232 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  25.62 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4447  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.27 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 236 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.36 
 
 		 1075 aa  50.1  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 577 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2963  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  27.33 
 
 		 259 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1610  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.503286  normal  0.0459235 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  20.47 
 
 		 228 aa  49.3  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00758  putative transcriptional regulator (Crp family) protein  20.39 
 
 		 223 aa  48.9  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  27.33 
 
 		 262 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 225 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3685  cAMP-binding protein - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinase-like protein  22.12 
 
 		 246 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1495  cyclic nucleotide-binding protein  25.86 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.54 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3299  DNA-binding transcriptional activator YeiL  25.86 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288775  normal  0.0803895 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1844  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128261  normal  0.368407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  24.88 
 
 		 222 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.47 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  23.47 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2310  DNA-binding transcriptional activator YeiL  25.86 
 
 		 232 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.143581  decreased coverage  0.000186485 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.64 
 
 		 261 aa  46.6  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  26.21 
 
 		 247 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  26.38 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 251 aa  46.2  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.48 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 235 aa  45.8  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>