183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2515 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2515  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 231 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513928  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.8 
 
 		 237 aa  88.2  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  30.33 
 
 		 228 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3110  cyclic nucleotide-binding protein  27.6 
 
 		 222 aa  85.5  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.33 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.44 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  26.07 
 
 		 266 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.46 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.12 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.12 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.12 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.12 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 234 aa  72  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  25.56 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  26.15 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  24.3 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.47 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.51 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  24.24 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0127  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 222 aa  53.9  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.867755  normal  0.325855 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  22.46 
 
 		 243 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.79 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.44 
 
 		 225 aa  52.8  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5384  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  21.26 
 
 		 257 aa  52.4  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0141215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  22.53 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2058  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  22.28 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.07 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2082  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  21.36 
 
 		 247 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  22.1 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.41 
 
 		 236 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  22.53 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.68 
 
 		 272 aa  50.1  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 228 aa  50.1  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  23.83 
 
 		 224 aa  50.1  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.76 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.49 
 
 		 229 aa  49.7  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0372  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 232 aa  49.7  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  22.83 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 272 aa  49.7  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  21.7 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 251 aa  49.3  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  21.98 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  25.27 
 
 		 198 aa  48.9  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  21.98 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  21.98 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  23.78 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.15 
 
 		 225 aa  48.5  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2023  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0496812 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  24.72 
 
 		 285 aa  48.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  23.86 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0755  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.26 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  30.38 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.58 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  21.43 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  23.86 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  21.74 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  21.43 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  23.86 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  22.28 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  23 
 
 		 214 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  21.43 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  21.43 
 
 		 211 aa  46.6  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.46 
 
 		 224 aa  46.2  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  23.86 
 
 		 214 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  22.33 
 
 		 248 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1873  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 		 162 aa  46.2  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>