48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3685 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3685  cAMP-binding protein - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinase-like protein  100 
 
 		 246 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  25.51 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 228 aa  52.4  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  24.56 
 
 		 222 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 260 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  22.12 
 
 		 236 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.47 
 
 		 239 aa  48.9  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 233 aa  48.9  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.97 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  20.28 
 
 		 243 aa  47.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  42.55 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 241 aa  46.2  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.75 
 
 		 242 aa  45.8  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.68 
 
 		 239 aa  45.4  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  44.9 
 
 		 232 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.33 
 
 		 216 aa  45.4  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015242 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 272 aa  45.4  0.0009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  22.11 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  32.39 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.98 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.09 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.12 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.09 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 236 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  20 
 
 		 234 aa  43.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 241 aa  43.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 224 aa  42.7  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 235 aa  43.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  34 
 
 		 262 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  34 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.72 
 
 		 237 aa  42.4  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.9 
 
 		 272 aa  42  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 224 aa  42  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 252 aa  42  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>